قال ابراهيم عيسى فى شهادته أمام محكمة جنايات القاهرة المنعقدة برئاسة المستشار محمود كامل الرشيدي أنه يعتقد أن رئيس الجمهورية الأسبق لم يصدر توجيهات باستخدام العنف مع المتظاهرين أو قطع الاتصالات. جاء ذلك في قضية إعادة محاكمة الرئيس الأسبق حسني مبارك، ونجليه علاء وجمال، ووزير الداخلية الأسبق حبيب العادلي، و6 من كبار مساعديه، ورجل الأعمال الهارب حسين سالم، لاتهامهم بالتحريض والاتفاق والمساعدة على قتل المتظاهرين السلميين إبان ثورة 25 يناير، وإشاعة الفوضى في البلاد وإحداث فراغ أمني فيها. وقال:"إن الوضع داخل مسجد الاستقامة ازداد سوءا بسبب ازدحام المتظاهرين داخله، ما دفعه إلى الخروج من المسجد والذهاب إلى ميدان الجيزة والتحدث إلى اللواء أسامة المراسى، مدير أمن الجيزة في ذلك الوقت.و كانت الشرطة تلقى قنابل الغاز ويرد عليها المتظاهرون بالحجارة ثم توقفوا وأخذوا يهتفون سلمية سلمية ثم فتحت الشرطة الطريق للمتظاهرين للعبور وخرج البرادعى من المسجد واستقل سيارته وخرج من الميدان". ووصف قرار قطع الاتصالات أثناء ثورة يناير بالفاشل ,وقال أعتقد أن مؤسسة الرئاسة تركت الأمور لوزارة الداخلية بعد فشلها وأعتقد أن رئيس الجمهورية الأسبق لم يصدر توجيهات باستخدام العنف مع المتظاهرين أو قطع الاتصالات. كما اتهم إبراهيم عيسى، منفذى عمليات اقتحام السجون وأقسام الشرطة ومبانى المحاكم بالخائنين للوطن.