أعرب حزب الدستور عن موقفه الرافض لإقرار محاكمة المدنيين عسكريا في الدستور الجديد الذي عدلته لجنة الخمسين، عاقدا مقارنة بين المادة 204 في الدستور الذي انتهت لجنة الخمسين من تعديله والمادة 20 في دستور سنة 1954 والمادة 198 في دستور عام 2012. وجاء في المادة 20 في دستور 1954 أنه لا يحاكم أحد إلا أمام القضاء العادي وتحظر المحاكمة أمام محاكم خاصة أو استثنائية ولا يحاكم مدني أمام المحاكم العسكرية. أما في مشروع الدستور عام 2012 فورد في المادة 198 أن "القضاء العسكري جهة قضائية مستقلة، يختص دون غيره بالفصل في كافة الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفرادها ، وجرائم الخدمة العسكرية وتلك التي تقع داخل المنشآت العسكرية أو على منشآت القوات المسلحة ومعداتها وأسرارها . ولا يجوز محاكمة مدني أمام القضاء العسكري إلا في الجرائم التي تضر بالقوات المسلحة ويحدد القانون تلك الجرائم ويبين اختصاصات القضاء العسكري الأخرى... ". وتنص المادة (204) من مشروع الدستور الذي أعدته لجنة الخمسين على أن: القضاء العسكرى جهة قضائية مستقلة، يختص دون غيره بالفصل فى كافة الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفرادها ومن فى حكمهم، والجرائم المرتكبة من أفراد المخابرات العامة أثناء وبسبب الخدمة. ولا يجوز محاكمة مدنى أمام القضاء العسكرى، إلا فى الجرائم التى تمثل إعتداءً مباشراً على المنشأت العسكرية أو معسكرات القوات المسلحة أو ما فى حكمها، أو المناطق العسكرية أو الحدودية المقررة كذلك، أو معداتها أو مركباتها أو أسلحتها أو ذخائرها أو وثائقها أو أسرارها العسكرية أو أموالها العامة أو المصانع الحربية، أو الجرائم المتعلقة بالتجنيد، أو الجرائم التى تمثل إعتداءً مباشراً على ضباطها أو أفرادها بسبب تأدية أعمال وظائفهم. ويحدد القانون تلك الجرائم، ويبين اختصاصات القضاء العسكرى الاخرى، وأعضاء القضاء العسكرى مستقلون غير قابلين للعزل، وتكون لهم كافة الضمانات والحقوق والواجبات المقررة لأعضاء السلطة القضائية.
