أكد الشيخ مظهر شاهين فى مرافعته أمام محكمة القضاء الإدارى بالدعوى التى أقامها وكيلا عنه الدكتور جابر جاد نصار ضد الدكتور طلعت عفيفى، وزير الأوقاف، والتى يطالب فيها بوقف القرار الخاص بوقفه عن العمل كإمام لمسجد عمر مكرم، بسبب التحقيق معه، أن الدفاع عن الأزهر شرف فى فترة الفتاوى المضللة. وأضاف شاهين: "لا أنتتمى لأحد بل أنادى بوسطية الأزهر ولم أتكلم بالسياسة، وتسائل هل عندما أقول للرئيس اعدل كما عدل عمر بن عبد العزيز فهل أنا أمارس عملا سياسيا ؟؟ أنا لم أدع إلا للحفاظ على الجيش والأزهر ولا أدعوا لأخونة الجيش أو الأزهر فالجيش هو الأمن القومى للبلد والحفاظ على الجيش دين". وتابع: "لم أكون مناصرا لأى تيار سياسى سواء جبهة الإنقاذ او الإخوان، ولم أمارس عملا سياسيا وتحلمنا اساءة للمجلس وحافظت على ملحقات بالمسجد قدرها أربعة ملايين جنيه فعاقبتنى الوزارة بالنقل". ورد شاهين على المحكمة بسؤالها له عن حديثه عن الرئيس، فقال: "لم أتكلم عن الرئيس بكلمة واحدة فقط كنت أنصح بحديث نبوى أو آية".