أوضح التقرير النهائي للمجلس القومي لحقوق الإنسان عن أحداث الخصوص بأنها تعبر عن غياب الدولة، ولم يشهد موقع الأحداث اضطلاع أي من مؤسسات الدولة بدورها، وأدى غياب وزارة الداخلية عن حل الجريمة الجنائية، وسمح غيابها لأحد الأفراد أن يحول الجريمة إلى فتنة طائفية. وأشار التقرير إلى عدم تعامل قوات الأمن بالشكل المطلوب مع الإحداث، موضحا أنه بالرغم من انتشار قوات الأمن بمحيط كنيسة مارجرجس بالخصوص، إلا أن انتشار هذه القوات ليس مؤهل لمنع مرور المعتدين على الكنيسة أو المسجد، ووصفت البعثة انتشار الأمن بأنه انتشار شكلي مؤكدة أن عبء توزيع القوات يقع على القيادات التي تحتاج لتغيير سريع لاحتواء الموقف من الجانب الأمني- كما ورد بالتقرير. وأوصى التقرير بضرورة تفعيل الرقابة الرئاسية داخل المؤسسات المختلفة، مؤكدا على فشل مؤسسات الدولة في حل الأزمة أو حتى السعي لإدارتها بحكمة. كما أوصى بضرورة إعادة الاستكمال على ما تبقى من روح السماحة الموجودة بين أهالي الخصوص.