نشر موقع «American thinker» تقريرا عن ابتعاد منظمة «هيومان رايتس ووتش» عن الشفافية، متهما إياها بحالة الشيزوفرينيا والكيل بمكيالين تجاه قضايا حقوق الإنسان. تعتمد «هيومان رايتس ووتش» في جميع البيانات على وسيلة واحدة وهي «الشهود»، حيث تأخذ شهادات جانب واحد فقط، ولا تسمع لأي شهادات من الجيش أو الشرطة أو المؤسسات الموجودة بالدولة. المنظمة لا تبحث في خلفيات الشهود السياسية والاجتماعية و دوافعهم الحقيقية وراء شهادتهم، ولكنها تتعمد تجاهل بعض الانتهاكات في دول معينة، مثل عدم كتابة أي تقرير عن أعمال العنف والقمع التي أعقبت الانتخابات في إيران. تجاهلت «هيومان رايتس ووتش» انتهاكات حقوق الإنسان ضد الفلسطينيين من جانب القوات الإسرائيلية، أو المعاملات غير الإنسانية والجرائم الممنهجة التي يمارسها النظام القطري ضد مواطنيه، والجرائم العنصرية وغير الآدمية التي يقوم بها النظام التركي ضد معارضيه ومواطنيه. ولم تنظر المنظمة أيضا إلى الانتهاكات العنصرية التي تحدث يوميا في أمريكا ضد السود والمهاجرين من أمريكا اللاتينية وآسيا، ولكن «هيومان رايتس ووتش» قامت بنشر الأخبار الكاذبة في نوفمبر 2018 ، حيث رفضت السعودية تقارير عن التعذيب والتحرش الجنسي نشرتها منظمتا العفو الدولية و«هيومان رايتس ووتش» ووصفتها بأنها «لا أساس لها». ونشرت في 2017 تقارير تفيد بأن الإمارات تدير سجونا سرية في جنوب اليمن تنتهك فيها أبسط حقوق الإنسان، في حين نفت الإمارات ذلك معتبرة أن الاتهامات هي محاولة لتشويه سمعة التحالف العربي الذي يسعى إلى إنقاذ الشعب اليمني. وفي يونيو 2015 انتقدت الحكومة الليبية بعض ما جاء في تقرير منظمة «هيومان رايتس ووتش»، حول ما وصفته ب تفشي ظاهرة تعذيب المحتجزين، والاعتقال التعسفي في سجون الحكومة، وتركزت تقاريرها على الهجوم على مؤسسات الدولة، حيث إنها في تقاريرها تنتقد ما يقوم به الجيش في العملية الشاملة في سيناء دون اي انتقاد لوجود جماعات إرهابية أو خطر من المليشيات المسلحة على حياة وأمن المواطنين.