سادت حالة من الارتباك الشديد بين مختلف الأجهزة والشركات العاملة بمطار القاهرة بسبب تنفيذ قرار مصر بغلق الأجواء والموانئ البحرية أمام جميع وسائل النقل القطرية وسفر وسائل النقل المصرية بعد ساعات من صدور القرار. وقالت مصادر ملاحية بمطار القاهرة: "لم تصل تعليمات صريحة ومكتوبة للجهات لتنفيذ القرار، بينما تمت معرفته من خلال وسائل الإعلام وموقع وزارة الخارجية، وذلك أدى لإنهاء إجراءات سفر رحلة مصر للطيران رقم 935 والمتجهة إلى الدوحة وعليها 60 راكبا، حيث تم ذلك قبل صدور القرار وجار حاليا إجراء الاتصالات مع الجهات المختصة إما لإلغاء الرحلة أو إقلاعها، كما من المقرر إقلاع رحلة الخطوط القطرية من مطار الدوحة برقم 1303 متوجهة إلى القاهرة على أن تقلع فى الواحدة ظهر اليوم من القاهرة برقم 1304 ولم يتم حتى الآن إقلاعها، كما لم تصل أي تعليمات للجوازات بالنسبة لسفر المصريين إلى قطر أو دخول القطريين إلى مصر". كانت مصر قررت فجر اليوم، الاثنين 5 يونيو، قطع العلاقات الدبلوماسية مع دولة قطر بسبب كما جاء فى القرار إصرار الحكم القطري على اتخاذ مسلك معادى لمصر، وفشل جميع المحاولات لإثنائه عن دعم التنظيمات الإرهابية، كما أعلنت مصر غلق أجوائها وموانئها البحرية أمام جميع وسائل النقل القطرية حرصًا على الأمن القومى المصرى وستتقدم بالإجراءات اللازمة لمخاطبة الدول الصديقة والشقيقة والشركات العربية والدولية للعمل بذات الإجراء الخاص بوسائل نقلهم المتجهة إلى الدوحة.
