أكد الدكتور محمد مرسي، رئيس حزب الحرية والعدالة، أن قضية ميليشيات الأزهر التى كان متهما فيها خيرت الشاطر المرشح للرئاسة، وقع فيها ظلم كبير علي الإخوان، مشيرًا إلى أنها من صناعة النظام السابق، الذي قام بتحويل تدريب للطلاب في جامعتهم، إلي تدريب عسكري في إطار حرب النظام السابق ضد الجماعة، وأنه تم طي صفحة هذه القضية المفتعلة. جاء ذلك في تصريحات لمرسي عقب لقائه والدكتور محمد البلتاجي، الأمين العام لحزب الحرية والعدالة، بالإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر في إطار جهود حزب الحرية والعدالة لإقناع الأزهر بالعودة إلى الجمعية التأسيسية للدستور بعد انسحاب الأزهر منها، بسبب ما وصفه بتهميش دوره. وعن ترشيح خيرت الشاطر للرئاسة، باعتباره تراجعًا في موقف الإخوان، الذين سبق أن تعهدوا بعدم ترشيح أحد للرئاسة، قال محمد مرسى إن هذا الترشيح، لا يعد تراجعًا في موقف الحزب ولكنه ترشيح جديد بناء علي معطيات واقع جديد اختلف وبالتالي كان يجب التعامل معه بطريقة جديدة. وقال السفير محمد رفاعة الطهطاوى، المتحدث السابق باسم الأزهر الشريف، إن الدكتور محمد مرسى، رئيس حزب الحرية والعدالة، والدكتور محمد البلتاجى أكدا التقدير البالغ للأزهر وحرصهما على الحفاظ على استقلال الأزهر ومكانته وتمكينه من أداء رسالته العالمية.