يشغل ملف مياه النيل كل الفئات فى مصر، خاصة بعد بناء إثيوبيا سد النهضة الذى سيؤثر على حصة مصر من المياه المقدرة 55.5 مليار متر مكعب، وأصبح الغموض سيد الموقف من جانب الدولة والمسئولين، خاصة بعد توقيع الرئيس عبد الفتاح السيسى على وثيقة المبادئ مع دولتى إثيوبيا والسودان، التى تتضمن بعض بنود اتفاقية عنتيبى التى وفضتها مصر على مدار ثمانى سنوات؛ لتهديدها الأمن المائى المصرى. وبعد أن رفضت دول حوض النيل اقتراح مصر بالتقسيم العادل والمنصف لمياه النيل، وتوقيع خمس دول منهم «إثيوبيا وأوغندا ورواندا وتنزانيا وكينيا» عام 2010، على اتفاقية عنتيبي، التي تنص على «مرتكزات التعاون بين دول مبادرة حوض النيل تعتمد على الاستخدام المنصف والمعقول للدول، بأن تنتفع دول مبادرة حوض النيل انتفاعاً منصفاً ومعقولاً من موارد مياه المنظومة المائية لنهر النيل». فوجئ الخبراء المعنيون بملف المياه بأن مصر وافقت على مبدأ اتفاقية عنتيبى ضمنيا بتوقيعها على وثيقة المبادئ مع السودان وإثيوبيا دون إبداء أي مبررات مقنعة للخطوة المصيرية التي تؤثر على حقوقنا التاريخية والمكتسبة من مياه النيل. يقول نادر نور الدين، خبير الأراضى والمياه، إن مصر طالبت بتطبيق مبدأ الاستخدام المنصف والعادل لمياه النيل، وليس المناسب كما تنص الترجمة العربية لاتفاقية عنتيبى، التى تقسم مياه النهر بين دول المنابع، بينما تصر مصر علي تقسيم "موارد النهر" من أمطار وبحيرات عذبة مليئة بالخيرات من "أسماك والبترول" وما تقوم به الأمطار من شحن دوري للمياه الجوفية، مؤكدا أن ما يذهب من خيرات إلي ضفتي النهر لا يزيد علي 5% فقط، وتستأثر دولة المنابع ب95%، ثم تريد اقتسام هذه 5% أيضاً مع مصر والسودان، بينما الأمطار تنتج لهم مراعي طبيعية تعطيهم ثروة حيوانية مجانية هائلة، ثم إنتاج أغذية حيوية نظيفة غير ملوثة تصدر إلي أوروبا. وأضاف "نور الدين" أنه ليس من العدل أن تصر دول المنابع علي عدم احتساب مياه الأمطار أو المياه الجوفية ومياه البحيرات العذبة والمستنقعات في تقسيم المياه بين دول حوض النيل، موضحا: «لو كان الأمر يرتبط فقط بمياه النهر واقتسامها، فإن عدد سكان دول حوض النيل يبلغ حالياً 437 مليون نسمة، يلزمهم 437 مليار متر مكعب من المياه، بينما لا يجري بين ضفتي النهر سوى 84 مليارا فقط، في حين أن حجم الأمطار بإثيوبيا وحدها يوفر 936 مليار متر مكعب من المياه، ودول البحيرات الاستوائية العظمي كمنابع النيل الأبيض ومعها جنوب السودان، يسقط عليها 1200 مليار متر مكعب أمطارا كل عام». من جانبه، قال الدكتور محمد نصر الدين علام، وزير الري الأسبق، إن أحد الأسباب الرئيسية لرفض مصر التوقيع على اتفاقية عنتيبي هو مبدأ الاستخدام المنصف والعادل لمياه النهر، الذي كان ينص على إعادة تقسيم مياه النيل على دول حوض النيل ال11 بعد انقسام السودان، لافتا إلى أن مصر وقتها خلال عامي "2006 -2007″ اقترحت أن يكون التقسيم العادل لمياه النيل، إلا أن الطلب قوبل بالرفض من قبل باقي الدول. واستنكر "علام" توقيع مصر على وثيقة المبادئ مع الودان وإثيوبيا التى تحتوى على العديد من بنود اتفاقية عنتيبي، وذلك بعد رفضها على مدار ثماني سنوات؛ لإضرارها بأمن مصر المائي.
