تواجه وزارة الآثار العديد من المشكلات، أهمها توفير الموارد المالية بسبب اعتمادها علي التمويل الذاتي، الأمر الذي جعل مواردها قليلها بعد ضعف السياحة خاصة عقب الثورة، كما تواجه الآثار مشكلة أخطر، وهي حماية الأثر والحفاظ عليه من الدمار والإهمال، بالإضافة إلي مشكلة رفع الوعى الأثرى لدي المصريين. يقول أحمد شهاب، نائب رئيس جمعية رعاية العاملين بالآثار، إنه لابد من تنفيذ مشروع إقامة معرض مؤقت للآثار بمطار القاهرة الدولى ومطار الغردقة المفتتح حديثاً، مع وجود منافذ بيع للمستنسخات الأثرية، وإقامة معارض مؤقتة بشرم الشيخ والغردقة والمدن السياحية المتعطشة للآثار للسياحة الشاطئية. وأضاف "شهاب" أنه يجب إعادة مشروع المرشد الصغير بالتنسيق مع وزارة التربية والتعليم؛ لتنشيط السياحة الداخلية، وإقامة معرض مستنسخات فى كل جامعات مصر ومنافذ لبيعها، وأن تتبنى الوزارة مشروع قومى لتنشيط السياحة يبدأ من توجيه دعوة لكل الجامعات والمعاهد والجهات الحكومية الأجنبية لزيارة الآثار المصرية بامتيازات وعروض تناسب كل جهة، وينتهى بوضع خطة تسويق جيدة لخريطة المواقع والمناطق والمتاحف الأثرية فى الدول الأجنبية كافة. وتابع: «لابد من استثمار مشروع قناة السويس الجديدة بعمل معرض لتراث مدن القناه وسيناء يجوب العالم، يحكى تاريخ القناه ويعرض تراث المدن المجاورة لها»، مشيراً إلي ضرورة وضع ضوابط وآليات محكمة لتذاكر زيارة المواقع الأثرية لتوقف عمليات الهدر المستمرة. وطالب "شهاب" بضرورة فتح كل المتاحف الإقليمية المغلقة منذ عشرات السنين بقرارات عشوائية غير مدروسة، والتنسيق مع كل محافظة لعمل الدعاية اللازمة لكل متحف بشكل مناسب، ووضع آلية محكمة وجديدة لتذاكر زيارة المتاحف الأثرية. كما طالب بضرورة التنسيق مع وزير التربية والتعليم لإدراج مادة الآثار المصرية أساسية فى المناهج، والذى سيساعد بشكل كبير فى حل مشكله قلة الوعى الأثرى، كما سيساعد فى خلق فرص عمل جديدة لدار الآثار، بالإضافة إلى تنشيط السياحة الداخلية. وأشار "شهاب" إلي ضرورة تخصيص قناة تتحدث بكل اللغات الأجنبية الحية تكون متخصصة فى عرض تراث مصر للداخل والخارج مع عرض برامج الزيارة لهذه المواقع، والذى سيساعد أيضا على زيادة الوعى الأثرى مع تنشيط السياحية الخارجية والداخلية. أكد محمد عزاز، أمين عام جمعية حقوق الأثريين، علي ضرورة إنشاء إدارة لمواجة الأزمات من جميع التخصصات «الأكاديميين والمهنيين» المشهود لهم بالكفاءة، يكون مهمتها الأساسية حصر كل التعديات مع وضع خريطة للمواقع الأثرية المعرضة للخطر بشكل تدريجى الأكثر خطورة فالأقل. ولفت "عزاز" إلى ضرورة إنشاء إدارة لمواجهة التعديات، مكونة من ثلاثة آلاف فرد أمن بعد تدريبهم وتسليحهم بشكل محترم، وذلك بالتنسيق مع وزارة الداخلية، ويتم توزيعهم بواقع ألف فرد أمن بالقاهرة الكبرى ووجه قبلى ووجه بحرى، تكون مهمة هذه الإدارة مواجهة وإزالة التعدى بشكل حازم وسريع، مع عمل قطاع للأمن بالوزارة، والتنسيق بين المحافظين ووزارة الآثار لوضع خطة عاجلة لإزالة الإهمال المتمثل فى تحول كثير من المواقع الأثرية لمقالب من القمامة، والتى ستتحرك على إثره الوحدات المحلية للمساعدة فى تنظيف جميع المواقع التى طالها الإهمال، وإنشاء إدارة البحث العلمى، والبدء فورا فى جرد وتسجيل كل الآثار المخزونة والمعروضة بالمواقع والمتاحف الأثرية.