شهدت العملية التعليمية في أول أيامها بالمنيا بعض الإشكالات التي تسببت في تأخر الطلاب والمدرسين وإغلاق مدرسة للتعليم الأساسي وعدم تسلم طلاب بعض المدارس للكتب والتغذية المدرسية، كما أن هناك مدارس مهددة بالانهيار، ومدرسة كانت حظيرة للمواشي!! فمع بداية اليوم الدراسي تأخر عدد من المدرسين والطلاب عن الحصص الأولى بمدارسهم، خاصة الكائنة منها بالقرى النائية لظروف وسائل التنقل في ظل الازدحام والكثافة المرورية وعدم تمهيد الطرق. يقول محمود فؤاد مدرس رياضة بمدرسة قرية منشأة الذهب القبلية بمركز المنيا إنه تأخر جبرًا عن الحصة الأولى؛ لأنه يقطن بمدينة المنيا التي تبعد عن المدرسة مسافة 22 كيلو ولعدم توافر وسيلة المواصلات ومعظمها سيارات غير مخصصة في الأصل لنقل البشر، واشتكي بعض طلاب القرى من السبب ذاته في رحلة انتقالهم للمدارس الثانوية الفنية بالمنيا. كما اشتكى عدد من أولياء الأمور قاطني العزب والنجوع النائية من عدم تمهيد الطرق الرابطة بين نجوعهم والمدارس الكائنة بقرى الجوار. يقول سيد مهني من نجع "الفواخر" إن لديه 3 أبناء يدرسون بمدارس قرية "صفط الخمار" المجاورة والتابعة لمركز المنيا ويتحملون مشقة الانتقال من وإلى مدارسهم التي تبعد عن النجع بمسافة 4 كيلو مترات مع عدم توافر وسائل مواصلات لكون الطرق ترابية وغير ممهدة. وأكد عدد من الطلاب وأولياء الأمور عدم تسلم أبنائهم من الطلاب الكتب المدرسية، في حين أكد البعض تسلم الكتب ناقصة، كما لم يتسلم الطلاب وجبات التغذية المدرسية. وظهرت الدراجات كوسيلة للتنقل داخل المراكز والمدن لكسر حاجز الازدحام المروري، كما استقل بعض الطلاب الحناطير كوسيلة أخرى للتنقل. في الوقت نفسه عانى آلاف الطلاب من سوء بناية وإعداد بعض المدارس بمختلف مراكز المحافظة ومنها مدرسة الشهيد عمران مصطفى للتعليم الأساسي بمركز سمالوط والتي تضم قرابة 700 طالب وطالبة وتشبه حظيرة المواشي؛ لكونها بناية "البلوك" ومسقوفة بالبوص ويتخللها بعض المصاطب ودورات المياه غير الآدمية. وتقع مدرسة "زاوية برمشا" بقرية "برمشا" بمركز العدوة وسط المقابر وتحيطها القمامة، أما مدرسة قرية "الإسماعيلية" الإعدادية بمركز المنيا، فتقف على جدران مهددة بالهدم، وصدر لها قرار بالإزالة لسوء حالتها وتهالك جدرانها، وكذلك الحال بالنسبة لمدرسة "صفط الخمار" الإعدادية بنين وعدد من المدارس الأخرى. هذا وتوقفت الدراسة بمدرسة "شمة الشرقية" للتعليم الأساسى بمركز أبو قرقاص بالمنيا في اليوم الأول للعام الدراسي؛ بسبب وجود خلافات ثأرية بين عائلتين، حيث تبين محاولة أحد أطراف العائلتين الأخذ بالثأر من مدرس يعمل بالمدرسة؛ مما أثار تخوف الطلاب والمدرسين وأولياء الأمور، واضطر مدير المدرسة لإيقاف الدراسة، وانصرف عدد من الطلاب والمدرسين. وتقع المدرسة في منطقة جبلية نائية في آخر حدود مركز أبو قرقاص، ويوجد بها 9 مدرسين مستهدفين للأخذ بالثأر، كما يوجد طلاب من العائلتين موضع الخصومة الثأرية، في حين تضم المدرسة 2800 طالب بينهم ألف طالب بالمرحلة الإعدادية وبقية الطلاب في المرحلة الابتدائية.