قال الدكتور حسام عيسى "حين نتكلم على الأقيات، فأول ما يطرأ على الذهنية هي قضية الأقباط"، موضحا "الأقباط ليسوا أقلية بأي معنى من المعاني"، وأن المقصود بالأقلية أنها تثير مشكلة بفصلها عن باقي مكونات الوطن بثقافة ولغة مغايرة، مضيفا "لكن الأقباط يتكلمون اللغة العربية، وثقافتهم عربية وشاركوا بدور هائل في صناعة الثقافة العربية، وهم أكبر من ساهم في تجديد اللغة العربية في القرن ال19 وال20. وأشار عيسى - فى كلمته خلال مؤتمر "المواطنة والأقليات تحت حكم الاخوان" الذى يعقده منتدى السرق الأوسط للحريات على مدار اليوم السبت وغداً الأحد - إلى تصريح الدكتور محمد البلتاجى الذى وصفه "بالخطير"الذى مفاده بأن "الأقباط بدأوا يلعبون في السياسة، ويجب أن يكونوا خارجها". وأوضح عيسى "معنى السياسة أن تشارك وتأخذ حقك"، مضيفا "الأقباط جزء من مكون الوطن وليسوا أقلية، ومن يقول أن معه الأغلبية هذه حجة وقحة، فهل حزب العمال لما بيكسب الانتخابات في بريطانيا بيغير الموظفين من حزب المحافظين، فالانتخابات تعني أن تدير لمدة وليس السيطرة على الدولة وتقلب كيانها، أو تغير مناهج التعليم وتزيل صورة درية شفيق لأنها ليست محجبة وتكتب أكاذيب لخلق أبطال جدد في الحركة الوطنية ليس لهم علاقة بها وانهى عيسى كلمته قائلا "القضية هي قضية الحريات وليس الأقليات، وقضية الأقباط هي قضية هذا الوطن، وليس هناك قضية خاصة بالأقباط أو قضية خاصة بالمسلمين هي قضية الوطن ككل