كانت قديما تسمى "الجماعة المحظورة" ، والآن أصبحت جماعة تمثل "الحزب الحاكم" وبالتالي فقد اختلف المسمى باختلاف المرحلة السياسية ، ومن المنطقي أن تتغير طريقة التعامل مع أفراد هذا التنظيم الخاص بجماعة الإخوان المسلمين، والمثير للجدل دائما هو علاقة الجماعة بالقوات المسلحة ، فبعد الثورة مباشرة كان الحديث عن الصفقات بين الجيش والإخوان ، وبعد فوز الرئيس محمد مرسي . قيل أن الصدام بين الرئيس وجماعته وبين القوات المسلحة قادم لا محالة ، ولم يحدث ذلك، "البديل" حاولت كشف الشكل الحقيقي لعلاقة جماعة الإخوان المسلمين والمؤسسة العسكرية . أكد اللواء نبيل فؤاد مساعد وزير الدفاع الأسبق ، وأستاذ العلوم الاستراتيجية ، أن القوات المسلحة ليس لها أي علاقة بجماعة الاخوان المسلمين ، أو أي أحزاب سياسية بما فيها حزب الحرية والعدالة الذي يعتبره البعض أنه الحزب الحاكم ، وستظل القوات المسلحة دائما على الحياد لأنها تخدم الشعب المصري كله . وأوضح أنه بقراءة تاريخ العلاقة بين الجيش وجماعة الاخوان المسلمين ، يتبين لنا أنها من الصعب ان ترجع للوراء خمسون عاما ؛ وتعود مرحلة الصدامات مثلما حدث في عهد الرئيس جمال عبد الناصر ، نظرا لاختلاف المرحلة الحالية ، فقد أصبح للجماعة حزب سياسي ، يتيح لهم حرية التعبير عن الرأي ، وحرية اتخاذ القرارات التي تلائم طبيعة التوجه السياسي الذي ينتمون إليه ، بينما كانت الخلافات في الماضي بسبب أعمال العنف وبعض التصرفات التي كانت تؤدي إلى تكدير السلم العام ؛ نظرا لعمل جماعة الاخوان تحت الارض ، ولكنهم لن يعودوا إلى العمل في الظلام مرة أخرى ، خاصة وأنهم لا يوجد حجر عليهم في هذه المرحلة . وأضاف فؤاد أن القوات المسلحة تولت زمام الأمور بعد نجاح ثورة 25 يناير ، كان لزاما عليها أن تتعامل مع كافة التيارات بما فيهم جماعة الأخوان المسلمين ، لانها في ذلك الوقت كانت في غمار المجال السياسي ، وشهدت هذه الفترة شد وجذب بين الجماعة والمجلس العسكري ، فلم يكن هناك وئام او خصام بينهما ، ولكنها خلافات عادية بسبب الاختلاف في وجهات النظر ، أما الآن فالجيش غير مشارك وغير موجود على الأرض ، ولكن أصبح دور القوات المسلحة هو التركيز في مهامه الأساسية بتأمين الدولة ، وحفظ السلام والاستقرار . ومن جانبه قال اللواء طلعت أبو مسلم، الخبير الإستراتيجي، إن علاقة الجيش بالجماعة لها بعد تاريخي منذ حكم جمال عبد الناصر، الذي رحب بهم قبل ثورة يوليو وتعاونوا الا ان الاختلافات قد ظهرت بيبنهم عقب املاءهم لبعض الشروط التي رفضها عبد الناصر ادخلهم بعدها الى السجون عندما وصل الى الحكم. وتابع أبو مسلم ، عندما رحل عبد الناصر وجاء السادات الذي حاول ان يقيم علاقة طيبة مع الاخوان المسلمين وأفرج عنهم واعطي لهم الفرصة في استعادة نشاطهم، ولكن سرعان ما اختلفوا في نهاية الامر، واغتالوه، وعندما جاء مبارك رئيسًا لمصر لم يكرر أخطاء الغير وبدأ حكمة باستبعاد كامل لهم وطردهم من السلطة، الا ان حدث شبه تعاون عندما تمت الصفقة الشهيرة في مجلس الشعب 2001. وأكد الخبير الاستراتيجي، إن القوات المسلحة خالية تماما من اي وجود اخوان، باستثناء بعض المتعاطفين معم وليس منتمين اليها، مشيرًا إلى أن الاخوان يحاولون الان اختراق المؤسسة السكرية من الناحية الفكرية والتي سوف يظهر اثرها على المستوى البعيد. وأوضح مسلم، إن اي محاولة من جماعة الاخوان المسلمين لتجنيد اعضاءها داجل الجيش وعمل مليشيات وجماعات سرية سيؤدي بهم الى حرب بين الطرفين. من جانبه استبعد اللواء حمدى بخيت مستشار رئيس أكاديمية ناصر العسكرية العليا، ان يكون هناك اي علاقة خارجة عن المألوف بين الجيش وجماعة الاخوان المسلمين، وإن حدث ذلك سيكون من طرف واحد وهي "الجماعة". وأكد بخيت أن أي محاولات من قبل الأخوان لاختراق الجيش كما يزعمون سوف تكون نتيجتها الفشل، مشيرًا الى انه ليس في الامكان لأي شخص او جماعة ان تزعزع من الاستقرار العام داخل تلك المؤسسة، أو التشكيك نظرًا للنجاح الباهر التي حققته في كل القطاعات. وأوضح أنه من الناحية الايديولوجية، نجد ان فكر الضباط داخل المؤسسة العسكرية مختلف تمامًا عن الطريقة التي تعمل بها جماعة الاخوان المسلمين. وحول بعض المحاولات من قبل الجماعات الاسلامية، لادخال اللحية الى الجيش تحت مسمى "حقوق الانسان"، لن تصل الى مرادها لان قانون الاحكام العسكرية يمنع ذلك. ومن جانبه قال الدكتور محمد الجوادي المؤرخ السياسي ، أنه لا توجد أي خلافات تنذر بحدوث صدام بين القوات المسلحة وجماعة الإخوان المسلمين ، وفي نفس الوقت لا يمكن أن نتحدث عن وفاق بينهم ، لأن الجيش جزء من مصر ، ويكيل بمكيال واحد ، فلا يفضل أي جماعة او فصيل بعينه على الشعب ، والجميع سواسية ، مشيرا إلى أن الجيش المصري أعز من أن يدخل في أي مهاترات سياسية ، يكون من شأنها أن تفقده ثقة الشعب فيه واحترامهم لهذه المؤسسة . وأضاف الجوادي أنه لم يحدث أن واجه جماعة الإخوان المسلمين أي صعوبات أو متاعب ، إلا من جانب من كانوا إخوان وضباط في الجيش في نفس الوقت ، وتتمثل ذلك خلال حكم الرئيس الراحل جمال عبد الناصر ، أو الرئيس السابق محمد حسني مبارك ، وكلها كانت مشاكل شخصية ، لم يكن فيها الجيش طرف صريح ولم تكن هناك مواجهة حقيقية او عداوة بين القوات المسلحة وبين هذه الجماعة . طلعت ابو مسلم: تجنيد اعضاء الاخوان داخل الجيش سيؤدى الى حالة حرب محمد الجوادي : الخلافات بين الجماعة والجيش في الماضي كانت " شخصية " نبيل فؤاد : الخلافات كانت قديما بسبب عمل الجماعة "تحت الأرض "