تعاني جزيرة الوراق من عدم وجود صرف صحي، مما أدي للجوء أهل الجزيرة إلي طرق غير سليمة، للتخلص من تلك المخلفات برميها في النيل، وفي النهاية تكون آثارها كارثة كبيرة، تسبب تلوث النيل. وقد أكد الأهالي، أنهم يفعلون ذلك بدون قصد لأن النيل هو الطريق الوحيد لهم، ولا يوجد سيارات لنقل هذه المخلفات، كما قالت أميرة احمد، أن الصرف الصحي كارثة في الجزيرة، ولا يستطيعوا أن يتخلصون منها إلا عن طريق النيل. وأوضح سالم إبراهيم، أن الأمراض كثيرة في الجزيرة بسبب الصرف الصحي، مطالبا أريد من الدولة عمل صرف صحي لجزيرة الوراق. وقالت سميرة محمود، 'احنا معدمين حتي في الصرف الصحي.