كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا بإشراف المستشار الدكتور تامر فرجاني المحامي العام الأول للنيابة، عن اتفاق قيادات جماعة الإخوان الإرهابية، علي تأسيس لجان عمليات نوعية تضم مسلحين من عناصرها بكافة محافظات الجمهورية، لتكون جناحا عسكريا لها بديلا عن النظام الخاص، وأن القيادي الإخواني عبد الفتاح محمد إبراهيم كان يتولي مسئولية الإشراف علي تلك اللجان. واستمعت النيابة إلي عدد كبير من الشهود الذين كشفوا عن جرائم العناصر المسلحة لتلك اللجان وأغراضها الإجرامية، من استهداف للقضاة وأفراد وضباط القوات المسلحة والشرطة وإرهابهم بغية إثارة الفوضي في البلاد، فضلا عن استهداف مؤسسات الدولة المصرية وسلطاتها العامة ومقوماتها بغرض إسقاطها، وشروعهم في قتل العديد من أفراد الشرطة وتخريب عدد من أقسامها ونقاطها والسيارات المملوكة لتلك الهيئة وضباطها، ووضع النار عمدا في أبراج الكهرباء ومنشآت الاتصالات. كما تضمنت الجرائم الإرهابية التي وردت باعترافات 35 متهما ألقي القبض عليهم، وضع عبوات ناسفة أعلي قضبان السكك الحديدية وتفجيرها بقصد تعطيل حركة القطارات، علاوة علي وضع النار في أحد المحالج الخاصة بتخزين القطن، وتفجير عدد من محولات الكهرباء بمختلف مدن محافظتي الجيزةوالغربية والقري بهما، وزرع عبوات ناسفة بالميادين والأحياء السكنية الحيوية وبمحيط محكمة كفر الزيات، ونقطة شرطة مرور الطالبية، وساحة مسجد العارف بالله أحمد البدوي 'السيد البدوي' ومخازن تابعة لحي الأهرام، وأمام مبان محافظة الغربية، والجامعة العمالية، وقسم أول طنطا، ونقطة مرور العلو، ومبني فرع البحث الجنائي بالمحلة الكبري، ونادي ضباط الشرطة بطنطا، ووحدة مطافيء طنطا، ومكتب بريد أول كفر الزيات، وسنترال بسيون العام، وتفجير عدد من أبراج تقوية شبكات الهواتف المحمولة، ووضع النار في العديد من السيارات الحكومية. وتمكنت قوات الشرطة من ضبط المتهمين وبحوزتهم أسلحة نارية وذخائر وعبوات ناسفة وكميات من المتفجرات والقنابل، كما قامت أجهزة الأمن بمداهمة أحد الأوكار التي يختبيء بها المتهمون بمدينة السادس من أكتوبر بمحافظة الجيزة، ومنهم مسئول اللجان النوعية عبد الفتاح محمد إبراهيم والذي لقي مصرعه و8 من قيادات الجماعة بعد مبادرتهم بإطلاق النيران علي القوات المكلفة بضبطهم.