في أول رد فعل علي تقرير لجنة الحريات الدينية الأمريكية، رفض الازهر الشريف ما جاء في التقرير باعتباره يعكس وجهة نظر غير متوازنة تفتقر إلي الدقة العلمية وتتسم بازدواجية في المعايير، كما أنه يعكس أسلوبا "فجا" للتدخل في أدق تفاصيل الشئون الداخلية ممن لا علم لهم بحقيقة الأوضاع في بلادنا ومن لا حق لهم في التدخل في شئوننا. وقال المتحدث باسم الأزهرالسفير محمد رفاعة الطهطاوي، إن الازهر يرفض المنطق الذي قام عليه التقرير، مؤكدا أنه يعبر عن رؤية أحادية لا تأخذ في الحسبان الخصوصية الثقافية والحضارية للمجتمعات الإسلامية، ووصف التقرير بأنه محاولة لفرض قيم غربية وجعلها بمثابة معايير عالمية تقاس بها الأوضاع، واعتبر أن تلك المحاولة تعبر عن منهج سطحي لا يأخذ في اعتباره الظروف التاريخية والحضارية. وأضاف الطهطاوي أن الإسلام حرص باستمرار علي بقاء تعايش أتباع الديانات المختلفة في تسامح وعدالة ومساواة في الحقوق، وأن التاريخ شاهد علي إزدهار المجتمعات المسيحية في الشرق علي مدي العصور، وأن الضامن الحقيقي لاستمرار العيش المشترك بين ابناء الوطن الواحد، مهما إختلفت دياناتهم يكمن في الحفاظ علي استقرار المجتمع وتأكيد وحدته الوطنية علي أساس من المساواة في الحقوق ومراعاة الخصوصية واحترام الشرائع الدينية. وأكد أن محاولة زعزعة الاستقرار بدعاوي مختلفة، هي السبب الحقيقي وراء ما يمكن أن يتعرض له بعض الأخوة المسيحيين من أوضاع سلبية، مشيرا بصفة خاصة إلي الممارسات الإسرائيلية في الأراضي المحتلة، وآثارها السلبية علي المسيحيين في الأراضي المقدسة، مؤكدا أن الجماعات المسيحية في العراق عاشت آمنة مطمئنة ولم تتعرض لأذي إلا في ظل الاحتلال الأمريكي للعراق. في غضون ذلك، يعقد مجمع البحوث الإسلامية برئاسة فضيلة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، جلسته الشهرية صباح الخميس، للرد علي ما جاء في تقرير لجنة الحريات الدينية بالخارجية الأمريكية حول أوضاع الأقليات الدينية في مصر.