نفي قداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية طرده لبعض الخدام الذين يخدمون معه شخصياً منذ سنوات، مُشيراً في ذلك إلي أنه قد يكون هناك ارتكاب خطأ من جانبهم أدي إلي قيام أحد المسئولين بطردهم ولكن بدون علمه بهذا الأمر. وانتقد البابا شنودة رفض أحد الآباء الكهنة مُعاقبة المُعترفين ولو بقدر بسيط من التدريبات الروحية بالرغم من اقترافهم لأبشع الخطايا تحت زعم "أنه لا عقوبة في المسيحية". وخلال محاضرته الأسبوعية الأربعاء من الكاتدرائية المرقسية بالقاهرة رفض البابا شنودة الإجابة علي سؤال لأحد الأشخاص حول كيفية صورة حياة كلا من إيليا واخنوخ في السماء بجسدهما المادي اللذان صعدا بهما لعدم معرفته بهذا الأمر، ولكن حول مجيئهما الثاني قال البابا شنودة أنهما سوف يأتيان بجسدهما اللذان صعدا بهما، وأنهما سوف ينزلوا للعالم ويقتلوا ويموتوا ليكون لهما أجساداً روحانية في القيامة حسب قول الكتاب المقدس. وأكد البابا شنودة بأن أي مشكلة في حياة الإنسان لابد وأن تنتهي، موضحاً بأن كل مشكلة تأخذ شكلاً هرمياً، فهي ترتفع حتي تصل إلي قمتها ثم تهبط إلي أسفل، لأن الله لا يسمح أبداً باستمرار المشاكل بلا نهاية، وإلا الإنسان لا يكن في استطاعته احتمالها، ضارباً المثل ب "أيوب البار" و "يوسف الصديق" وآخرين، وأنه لا يجب النظر إلي المشكلة علي أنها أبدية لا تنتهي. كما نفي البابا شنودة الثالث ما أشيع في إحدي الصحف حول قيام المجمع المُقدس بمُحاكمة أحد الآباء الأساقفة، وأنه عارِ تماماً من الصحة. وطالب البابا شنودة عدم صدق كل ما يُنشر في الصحف بهدف السبق الصحفي أو تحت زعم حرية النشر وحرية الفكر. ورفض البابا شنودة بالنسبة لأخبار الكنيسة أن تلوكها الألسن، وأن هناك أمور خاصة بالكنيسة لها وقارها لا يجب أن تكون مثار مناقشة للعامة، مُشدداً إلي ضرورة مُراعاة سرية جلسات المجمع المُقدس.