يواجه المستشار هشام جنينة رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات المعزول اتهامات في أكثر من 9 قضايا ودعاوي مقامة ضده. أولها ما نص عليه بيان لنيابة أمن الدولة العليا حول التحقيق فيما تعلق بالادلاء بتصريحات حول حجم الفساد في مصر ب600 مليار جنيه، تتسم بعدم الدقة، وتعرض السلم العام للخطر واضعاف هيبة الدولة والثقة في مؤسساتها والاضرار بالامن القومي والاقتصاد المصري وهوما وصفه مصدر قضائي بأنها كانت سببا في إعفائه من منصبه..وكذلك التحقيق في قضية بيان رابعة حيث نص بيان لقاضي التحقيق فور احالة 60 قاضيا لمجلس التأديب أن عددا من غير القضاة من بينهم المستشار هشام جنينة، والمستشارين أحمد ومحمود مكي، ومحمود الخضيري، وحسام الغرياني، حرضوا علي اعداد هذا البيان من خلال عقد اجتماعات في أحد المراكب النيلية بمنطقة المعادي. واكد مصدر قضائي إن التحقيقات ما زالت قائمة بشأن جنينة مضيفا أن قاضي التحقيق في القضية ما زال ينتظر تحريات الأمن الوطني بشأنهم. بالاضافة الي التحقيق في البلاغات المقدمة من المستشار أحمد الزند وزير العدل السابق ضد «جنينة» والتي قدمها صالح الدرباشي محامي الزند للنيابة العامة والتي ندب فيها المستشار صفاء اباظة كقاضي تحقيق للتحقيق في بلاغات «الزند» ضد «جنينة» تتهمه باهانة وزير العدل السابق ورجال السلطة القضائية في قضية اهانة القضاة.. وسيتم التحقيق في تلك البلاغات خلال الاسبوع القادم حيث لم يحضر جنينه اي جلسة من جلسات التحقيق التي كانت تنعقد بداخل دار القضاء العالي مكتفيا بارسال محاميه علي طه والذي قدم لقاضي التحقيق ما يفيد بان قانون الجهاز المركزي للمحاسبات نص علي عدم التحقيق مع رئيس الجهاز وفقا لقانون الوزراء وذلك قبل موافقة مجلس النواب علي قانون عزل الهيئات الرقابية والهيئات المستقلة ..وأجل قاضي التحقيق استدعاء جنينة لحين الفصل في الدفع المبدي منه.. كما كانت نيابة استئناف القاهرة قد استدعت المستشار جنينة في بداية الشهر الجاري للتحقيق معه في البلاغ المقدم ضده من وزير العدل الاسبق احمد الزند، بدعوي التزوير في أوراق رسمية من خلال تزوير تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات المتعلق بأرض نادي قضاة بور سعيد.