المجلس الملي العام للاقباط الأرثوذكس يقوم الاقباط الأرثوذكس في مصر بانتخاب اعضاء المجلس الملي و يختص المجلس الملي بالنواحى الإدارية وغير الدينية في حياة الكنيسة. تأتي أهمية المجلس الملي العام الذي أصدر الخديو إسماعيل أمرا عاليا بإنشائه عام 1874بتبني من بطرس باشا غالي في إحداث توازن داخل إدارة الكنيسة المصرية التي يتحكم فيها المجمع المقدس برئاسة البابا - أعلي سلطة كنسية – وظهرت قوته عندما استطاع إقناع مجلس النظار-مجلس الوزراء - الذي رأس جلسته الخديوي عباس حلمي الثاني بإصدار قرار بإعفاء البابا كرلس الخامس من شئون الباباوية وتعيين وكيل يدير الكنيسة بالتعاون مع المجلس الملي رغم حداثة إنشاء المجلس ودعمهم لانتخاب كرلس، ،وكان ذلك نتيجة صراع بين كرلس الخامس و المجلس لاتهام الأخير للبابا بالتهميش وعدم دعوتهم للاجتماع أو الاستماع لمشورتهم،وإحساس كرلس بأنهم يغطون عليه. وكان المجلس قد تم إنشاؤه بعد أن توافق مجموعة من الأقباط الإصلاحيين وقرروا أن يتم إنشاء مجلس إصلاحي يرأسه قبطي صاحب مكانة عالية أو منصب حكومي رفيع وكان بطرس باشا غالي ليتولى النواحي الإدارية المتعلقة بالأوقاف والشئون المالية والتعليمية والإشراف علي عمليات الرهبنة ومعرفة المقبولين فيها لتواجه سلطاته،سلطات المجمع المقدس الذي يضم الاكليروس ويتحكم في الأمور الدينية بعد التجاء الأنبا مرقس مطران البحيرة وكيل البطريركية بعد وفاة البابا ديمتريوس الثاني الي الجمعية الإصلاحية التي تضم مجموعة الأقباط المثقفين يقيمون الملاجئ والمدارس وطبع الكتب , وتقديم المعونات الاجتماعية للفقراء وإنشاء الصحف والمستشفيات وغيرها من كافة الخدمات ليستقوي بهم ضد المطارنه الذين لا يرحبون برئاسته بعد أن خلا كرسي البطريركية مدة تزيد علي الأربع سنوات. ومنذ إنشاء المجلس يجد معارضة من رجال الكهنوت علي الرغم من مصادقة جميع الأساقفة على مشروع إنشائه،إلا أنهم كانوا يرون أنه يتدخل في إختصاصتهم الكهونوتية،وأن كل ما يخص الكنيسة في الأصل هو ديني. وقد تم تجميد المجلس الملي مرتين بسبب الصراع مع البابا كرلس الخامس،لكن المجلس ظل يصارع من أجل البقاء،وتدخل السفير الروسي بالقاهرة في محاولة لتقريب وجهات النظر بين البابا وأعضاء المجلس،واتخذت الصحافة في ذلك الوقت موقفا محايدا من الصراع وكانت جريدة المحروسة واللواء والأهرام والمؤيد والمقطم أبرز الصحف في ذلك الوقت،وانتهت الأزمة بين البابا وأعضاء المجلس بعد أن وافق الأخير علي زيارة كل أعضاء المجلس في بيوتهم. المجلس الملي العام في الكنيسة وفي سنة 1904 أعيد تشكيل المجلس الملي بناء علي رغبة عدد من المطارنة والأراخنة , فقابلوا البابا كيرلس وتم التفاهم، فوافق علي تحقيق رغبتهم ،ومنذ انتهاء هذا الصراع والمجلس قائم مشاغب أحيانا ويتعاون أحيانا أخرى،يضعف ويقوى. ولم يكن الصراع مع البابا كرلس الخامس هو الصراع الوحيد الذي دخله وانتصر فيه المجلس الملى،فقد دخل بعد ذلك في صراع مع البابا يوساب الثاني لضعف شخصيته وعدم قدرته علي إيقاف نفوذ سكرتيره الخاص الذي كان يبيع الرتب الكنسية لغير المستحقين، وهي جريمة خطيرة تسمي ب"السيمونية" (نسبة إلي سيمون الساحر الذي أراد شراء مواهب الروح القدس بالمال) ونتيجة لذلك الفساد، جرت عدة محاولات لتصحيح هذا الوضع وعزل سكرتير البابا. وقام بعض الشباب القبطي بخطف البابا من مقره وإجباره علي التوقيع علي مطالبهم الإصلاحية! ولكن قوبل ذلك التصرف بالرفض ففشل وعاد الانبا مرة أخرى،ولكن الحادثة جعلت ولأول مرة أعضاء المجمع المقدس و المجلس الملي العام يتفقون،علي تعيين لجنة أسقفية للقيام بأعمال البابا بدلاً منه، وتشكيل اللجنة من أصحاب النيافة : الأنبا أغابيوس مطران ديروط ، الأنبا ميخائيل مطران أسيوط ، الأنبا بنيامين مطران المنوفية. ويعتبر "وكيل المجلس" أعلى منصب فيه وقد رأس المجلس الملي أسماء مثل بطرس باشا غالي ، حبيب بك المصري ،,الدكتور إبراهيم فهمي المنياوي باشا، و نقيب المحامين كامل يوسف صالح، والمستشار إسكندر حنا دميان،و وكيل المجلس حاليا الدكتور ثروت باسيلي. وأوصت "جبهة العلمانيون الأقباط" فى مؤتمرها الرابع في نوفمبر 2008 تغيير مسمى المجلس الملى باعتباره "مسمى طائفى" تجاوزه الزمن ليصبح المجلس العلمانى ودعا المؤتمر أيضاً لتأسيس مجلس أعلى للكنيسة القبطية الأرثوذكسية برئاسة البابا البطريرك ومعاونين له فى كل المجالات بحيث لا ينفرد باتخاذ القرار.
