أكد الدكتور هانى هلال وزير التعليم العالى والبحث العلمى أن هذا الحادث موجه لبث الفتنة الطائفية فى مصر واتهم الجهات الخارجية بالتخطيط للحادث للوقيعة بين المصريين ،وقال أن الانفجار استهدف المسلمين والمسيحيين وأعرب عن شعور كل المصريين بالحزن وقال انه يعزى البابا شنودة وأسر الضحايا من أقباط ومسلمين وطالب الجميع بضبط النفس للتغلب على هذا الحادث. وقال أمين أباظة وزير الزراعة أنه لايجب أن نفسر هذا الحادث على أنه وقع لمجموعة وليس للمصريين جميعا وأضاف "شعورنا بالألم والجرح يتساوى مع المسيحيين فى هذا ، فنحن كمصريين شعرنا كلنا بهذا الحادث ونال منا بنفس الطريقة ونفس التأثير ،ووجودنا هنا فى زيارة قداسة البابا ليس لأنه الأب الروحى للمسيحيين ولكن لأنه جزء من هذا الشعب مثلنا وكلنا نعزى بعضنا ،لأن كلنا على نفس المستوى من الشعور بالألم فى تصريحات لبرنامج صباح الخير يامصر الاثنين. كما صرح الدكتور أحمد درويش وزير التنمية الادارية أننا امام قضية فكر فى المقام الأول وهوفكر خاطىء ،وأسلوب يحاول به أن يغسل عقول بعض الشباب ،ورأيى أن الفكر لا يواجه الا بالفكر حتى لا يجد هؤلاء بع ذلك شخص يستطيعون تجنيده فمطلوب من وسائل الاعلام والمؤسسات الثقافية ومؤسسات التعليم على المدى القصير بالتصدى لهذا الفكر بالفكر حتى نستطيع الخروج من هذه الأزمة.