أقام خالد على المحامي والمرشح السابق لرئاسة الجمهورية الأربعاء دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدوالة طالب فيها بإلزام الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية ورئيس مجلس الدفاع الوطني والمشير محمد حسين طنطاوي رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة بوقف تنفيذ وإلغاء القرارا الصادر من المشير طنطاوي رقم 348 لسنة 2012 والخاص بتشكيل مجلس الدفاع الوطني . وذكر خالد علي في الدعوى رقم 49469 لسنة 66 قضائية فيها أن المجلس العسكرى قام بانتهاك واضح وصريح للنظام الديمقراطى التي تسير عليه البلاد لإصداره لقرار تشكيل مجلس الدفاع الوطني وسيادة الطابع العسكري والهيمنه العسكريه على أغلبية أعضائه . وأضاف أن موعد اصدار القرار يؤكد هيمنة المؤسسة العسكرية على السلطة المدنية المنتخبة وتقلدها مقاليد إصدار جميع القرارات الصادره عن مجلس الدفاع الوطني حيث أنه صدر في14 يونيو 2012 اى قبل موعد تسليم السلطه وإدراة شئون الدوله للرئيس المدني المنتخب بأيام قليلة .