قالت منظمة «هيومان رايتس ووتش» إن مصر كثفت هجماتها في عام 2009 علي المدافعين عن حقوق الإنسان والمنظمات الحقوقية التي توثق الانتهاكات التي ترتكبها الحكومة. ولخص التقرير العالمي العشرين للمنظمة، الذييعرض ممارسات حقوق الإنسان في شتي أنحاء العالم، توجهات حقوق الإنسان الأساسية في أكثر من 90 دولة سنوياً، وقال التقرير إن النظام المصري استمر في قمع المعارضين السياسيين باستخدام قانون الطوارئ، الذي استخدم بشكل واسع النطاق في الاحتجاز التعسفي والمحاكمات غير العادلة، مضيفاً أن الحكومة المصرية لم تؤكد أبداً العدد الحقيقي للمعتقلين السياسيين، لكنه وفقاً لمنظمات حقوق الإنسان فإنها قدرت عدد المحتجزين بين 5 و10 آلاف معتقل دون تهم. وأشارت المنظمة إلي استخدام مصر القوة المدمرة مع المهاجرين الأفارقة الذين حاولوا التسلل داخل إسرائيل، وهو ما أدي إلي مقتل العديد منهم. كما أشارت المنظمة إلي أن الحكومة المصرية قمعت حرية التجمع والتظاهر السلمي، حيث قامت السلطات باعتقال المئات من النشطاء أثناء تنظيمهم مظاهرات احتجاجية ضد العملية العسكرية الإسرائيلية ضد قطاع غزة فييناير 2009، من ضمنهم مئات من جماعة الإخوان المسلمين، كما قالت إن القانون المصرييقيد من نشاط مؤسسات المجتمع المدني وأولها الانخراط في أي نشاط سياسي، وقالت إن مصر ألقت القبض علي الصحفيين والمدونين الذين أدانوا انتهاكاتها لحقوق الإنسان، وأشارت إلي اعتقال المدونين «كريم عامر» و«ضياء الدين جاد» وغيرهما. وأوضحت أن مصر مازالت تعاني نقص القوانين التي تحمي النساء من التعرض للانتهاكات أو القوانين التي تسهم في ردع مرتكبي الجرائم ضد النساء خاصة التحرش الجنسي. أما من الناحية الدينية، فقد أشارت المنظمة إلي أنه بالرغم من أن الدستور المصرييكفل حرية الأديان وحرية العقيدة، فإن الأقباط والبهائيين والمسلمين المتحولين إلى المسيحيةيعانون الاضطهاد.