الأقليات الدينية مثل المسيحيين والبهائيين يواجهون تمييزاً فرديا وجماعيا هيلاري كلينتون قالت وزارة الخارجية الأمريكية إنه على الرغم من ضمان الدستور المصري لحرية الاعتقاد وممارسة الدين، فإن الحكومة المصرية لازالت تضع العديد من القيود على ممارسة تلك الحريات. وأصدرت الخارجية الأمريكية مساء الأربعاء تقريرها السنوي للحريات الدينية حول العالم، وفيما يتعلق بالملف المصري في احترام الحريات الدينية، قال التقرير إن احترام الحكومة المصرية للحريات الدينية لا يزال ضعيفا ولم يتغير عن العام الماضي، مشيرا إلى أن الأقليات الدينية مثل المسيحيين والبهائيين يواجهون تمييزاً فرديا وجماعيا، خاصة في الوظائف الحكومية وحرية بناء أو ترمييم أماكن عبادتهم. كما لفت التقرير إلى قيام الحكومة المصرية باعتقال أو مضايقة المسلمين من الشيعة والأحمديين والقرآنيين المتحولين منهم من الإسلام للمسيحية، بالإضافة إلى اضطهاد الجماعات الدينية التي لا تتفق معتقداتها مع التعاليم الإسلامية. ويقول التقرير إن الحكومة غالباً ما ترفض اعتماد بطاقات هوية لأولئك المتحولين عن دينهم، كما قال التقرير إن الحكومة فشلت في مقاضاة مرتكبي جرائم العنف ضد المسيحيين في عدد من القضايا مثل بهجور وفرشوط ومرسى مطروح. وقال التقرير إنه على الرغم من التصريحات والبيانات التي أطلقها الرئيس مبارك وعدد من كبار المسؤولين المصريين بإدانة الفتنة الطائفة وأعمال العنف ضد الأقباط، إلا أن محافظ المنيا خرج في 24 نوفمبر 2009 لينفي وقوع أي أعمال عنف طائفية في محافظته على الرغم من أن تلك الأعمال قد تم تسجيلها وتوثيقها. وتابع التقرير أن الحكومة فشلت مجددا في إصلاح القوانين المتعلقة ببناء الكنائس أو ترميمها، وكذلك الممارسات الحكومية خاصة ما يتعلق منها بالتوظيف حيث يتعرض الأقباط للإضطهاد. وانتقدت الخارجية الأمريكية جلسات الصلح الودية التي تعقدها الحكومة بشكل غير رسمي بعد كل حادث طائفي، حيث اعتبر التقرير أن تلك الطريقة تساعد المجرمين المتورطين في تلك الأحداث على الإفلات من العقاب، كما أنها تخلق مناخاً يساعد على وقوع جرائم أخرى مماثلة. وقال التقرير إن السفيرة الأمريكية بالقاهرة، وعدد من كبار مسؤولي الإدارة الأمريكية إلى جانب عدد من أعضاء الكونجرس قد عبروا للمسؤولين المصريين عن قلقهم البالغ تجاه التعصب الديني، وقال التقرير إن مسؤولي السفارة وعدد من مسؤولي وزارة الخارجية قد أبدوا قلقهم المتزايد للحكومة تجاه الصعوبات التي يواجهها الأقباط لبناء كنيسة، والعنف الطائفي وطريقة جلسات الصلح التي تمنع وصول الجناة للمحاكمة ومعاملة الدولة للمسلمين المتحولين لدين آخر. وقال التقرير إن عدد من الجماعات المعنية بالحريات الدينية رصدت تزايداً كبيراً في عدد الحوادث الطائفية ، مشيرا إلى حادثة نجع حمادي التي قتل فيها ستة مسيحيون ومسلم أمام إحدى الكنائس أثناء احتفال الأقباط بقداس عيد الميلاد.