الطعن جاء في قضية خلع أقامتها زوجة مسيحية أمام محكمة الأسرة الدعوي تدفع بعدم جواز أن تكون الكنيسة جهة إحصاء رسمي لعدد الأقباط مع تضارب الإحصائيات الصادرة عن الدولة والكنيسة دفعت دعوي قضائية مقامة أمام محكمة الأسرة بالإسكندرية ببطلان القرار الجمهوري الصادر بتعيين «البابا شنودة» بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية وما يترتب علي ذلك من بطلان جميع الشهادات الصادرة عن الكنيسة التي يعتبر «البابا» الممثل القانوني والإداري لها. حيث دفع المحامي «شريف جاد الله» في دعواه التي حملت رقم 3536 لسنة 2009 ببطلان إجراءات تعيين «البابا شنودة» عقب القرار الجمهوري رقم 490 لسنة 1981 والصادر عن الرئيس «أنور السادات» بإلغاء قرار تعيين الأنبا «شنودة» بتهمة إثارة الفتن في البلاد، ورفض محكمة القيم العليا حينذاك التظلم الذي تقدم «شنودة» من قرار عزله، وكذلك عدم قبول مجلس الدولة الطعن الذي تقدم به استناداً إلي صحة القرار الجمهوري بعزله، وأن قرار الرئيس «مبارك» رقم 6 لسنة 1985 بإعادة تعيين الأنبا «شنودة» لم يلتزم بالإجراءات القانونية المعمول بها طبقاً للائحة 1957 لاختيار بطريرك جديد، والتي تبدأ بالإعلان عن خلو كرسي البطريرك وإجراء انتخابات جديدة وقرعة هيكلية جديدة قد تسفر عن انتخاب «البابا شنودة» مرة ثانية أو تأتي ببابا جديد. وهو ما يجعل القرار الجمهوري بإعادة تعيين «البابا شنودة» بطريرك الكرازة المرقسية مشوباً بالبطلان، مما يترتب علي ذلك من بطلان جميع الشهادات الصادرة عن الكنيسة الأرثوذكسية التي يمثلها «البابا». كما دفع «جاد الله» بعدم جواز أن تكون الكنيسة هي جهة الإحصاء الرسمي لعدد الأقباط في مصر مع تضارب الأرقام الصادرة بين الكنيسة والدولة حول تعداد الأقباط، حيث تري الكنيسة أن تعداد الأقباط يتجاوز العدد الرسمي الذي تعلنه الدولة، وتتهم الدولة الكنيسة بتضخيم التعداد للمطالبة بحصة ثابتة في التسعينيات في أجهزة الدولة المختلفة. وكانت سيدة قبطية أرثوذكسية تدعي «سالي .س» قد أقامت دعوي خلع ضد زوجها «رومان .م» أمام محكمة الأسرة بالإسكندرية بعد أن هجرها زوجها القبطي الأرثوذكسي بعد 21 يوماً من الزواج ولمدة عامين وأقام لدي أهله، فطلبت المحكمة من السيدة شهادة حديثة من كنيسة الأقباط الأرثوذكس تفيد بأنها لم تزل قبطية أرثوذكسية، وهي الشهادة التي لا تمنحها الكنيسة إلا بعد إخضاع الزوج والزوجة لإجراءات محاكمة داخل الكنيسة بهدف الصلح تستغرق شهوراً طويلة ثم تمنح الشهادة أو لا تمنحها. مما دفع ب «شريف جاد الله» محامي الزوجة للدفع ببطلان إجراءات إعادة تعيين «البابا شنودة» كبطريرك للكرازة المرقسية وهو ما يترتب عليه بطلان جميع الشهادات الصادرة عن الكنيسة، وذكر المحامي إيمان الأشراففي دعواه أن الشهادة التي تطلبها المحكمة تمثل اعترافاً من القضاء بالإحصاء الرسمي الذي تقوم به الكنيسة لعدد الأقباط وهو الإحصاء الذي ترفض الدولة الاعتراف به، مطالباً بألا يتم إقحام القضاء في الصراع الدائر بين الدولة والكنيسة.