في أول رد فعل إسرائيلي على نتيجة الانتخابات الرئاسية المصرية؛ قال بنيامين نتنياهو -رئيس الوزراء الإسرائيلي- عقب فوز الدكتور محمد مرسي بانتخابات الرئاسة المصرية: "نحترم العملية الديمقراطية في مصر وما أسفرت عنه، كما أتوقع مواصلة التعاون مع مصر على قاعدة اتفاق السلام المشترك". وفي وقت سابق كشفت تقارير إعلامية إسرائيلية أن المجلس العسكري وعد بعدم المس بالعلاقات المصرية-الإسرائيلية أيا كانت نتائج انتخابات الرئاسة المصرية؛ وذلك وفقا لما ورد بموقع العربية.نت. وذكرت صحيفة معاريف أن المجلس العسكري سلّم مؤخرا يتسحاق مولخو -مبعوث نتنياهو- رسالة تهدئة جاء فيها: "أي كانت نتائج انتخابات الرئاسة المصرية؛ فإنه لن يتم المس بالعلاقات المصرية-الإسرائيلية". وأضافت أن المجلس العسكري التقى مولخو وأبلغه أن الجيش المصري سيبقى الجهة المسئولة عن العلاقات مع إسرائيل وحماية اتفاقية السلام بين الدولتين، وأنه "لن يتم المس بأي جانب من العلاقات مع إسرائيل سواء كان أمنيا أو سياسيا أو اقتصاديا".