شنت القوى السياسية و المعارضة السودانية هجوماً على الرئيس السودانى عمر البشير حول استفتاء تقرير مصير شعب جنوب السودان، وحملت المؤتمر الوطني والحركة الإسلامية مسئولية ترجيح خيار الانفصال، وطالبت المعارضة البشير ووزراء الحكومة بتقديم استقالات جماعية، وأكدت المعارضة أنهم فشلوا في تحقيق الوحدة، كما حملوا الحركة الشعبية والمجتمع الدولي جزءا من المسئولية. ومن جانبه، أكد كمال عمر الأمين السياسي للمؤتمر الشعبي إن إنفصال الجنوب يقع على مسئولية المؤتمر الوطني ، ويرجع ذلك لعدم اهتمام الوطني بوحدة السودان وتحقيق موازين العدالة والمساواة وتغييب التنمية في الجنوب طيلة فترة الاتفاقية.. إضافة إلى عدم وجود الحريات وأضاف عمر أن الاهمال من قبل حكومة البشير أثر على الجنوبيين الموجودين في الشمال وجعل منهم مواطنين من الدرجة الثانية. وأضاف أن المعاناة التى شهدها المواطنيين الجنوبيين جعلهم يفكرون في تأسيس دولة جديدة والخروج من الشمال وهم يحملون أسوأ الذكريات التي أوجدها نظام المؤتمر الوطني، واعتبر الانتهاكات الدستورية أحد العوامل الرئيسية لترجيح خيار الانفصال، وحمل المؤتمر الوطني المسئولية التاريخية والدينية والأخلاقية في انفصال جزء عزيز من الوطن يقدر بثلث مساحته، ووجه عمر كلمة للمواطن الجنوبى قائلاً"نعلن اعتذارنا للجنوبيين عما لحق بهم". وفى سياق متصل، حمل د. على السيد عضو المكتب السياسي بالحزب الاتحادي الديمقراطي المؤتمر الوطنى والحركة الشعبية، ولم يعف القوى السياسية من المسئولية، وذكر أن الحركة الشعبية كانت غير متحمسة لإشراك القوى السياسية في الاتفاقية بينما كان المؤتمر الوطني رافضا لمشاركتها. مؤكداً أن كل ما أعلن عنه المؤتمر الوطني عن الوحدة أحاديث تتصف بالكذب و أن "الوطني" عمل للانفصال ورفض التحول الديمقراطي ووضع المتاريس بالقوانين القمعية التي أغلقت طرق الوحدة أمام الحركة الشعبية التي قال إنها قررت الاستسلام في مقابل الاستفتاء وقانونه. من جانبها أوضحت د. مريم المهدى القيادية بحزب الأمة القومي إن هناك محاولة من المؤتمر الوطني لتوسيع دائرة مسئولية الانفصال، ولافت الى أن هناك أسسا لتحمل المسئولية، وأشارت مهدى إلى سياسة المناطق المقفولة التي ابتدرها الإنجليز في الحكم الاستعماري، إضافة إلى سياسات الشمولية عقب الاستقلال بما يعكس السياسات الخشنة لتطويع الجنوب بجانب الفترات القصيرة التي مرت بها النظم الديمقراطية..بينما يرى د. الشفيع خضر عضو اللجنة المركزية للحزب الشيوعي إن مسئولية إنفصال الجنوب تتحملها جهات متعددة، وفى ذات الوقت المؤتمر الوطني تقع عليه المسئولية الأكبر، لعدم تقديم تنازلات في الأجندة الحزبية، وإبعاد القوى السياسية من إدارة الحكم، وتنفيذ اتفاقية السلام الشامل، وانتقد خضرالمجتمع الدولي في تصميم اتفاقية نيفاشا على إيقاف الحرب ووضع مؤشرات للانفصال وعدم توسيع الاتفاقية رغم الوعود، وأضاف أن الحركة الشعبية تتحمل جزءا من المسؤولية..وتابع أن هناك خيارات أخرى متاحة كان يمكن اللجوء إليها مثل الكونفدرالية وانتقد الحركة الشعبية في اللجوء للشراكة الثنائية مع المؤتمر الوطني. كما حمل خضر القوى السياسية جزءا من المسئولية للفشل في إحداث تغيير ودعا للحديث باستراتيجية لما بين الدوليتين حال الانفصال لتحقيق فوائد للطرفين عبر اتفاقيات.