الغريب أن الوزارة قامت بإنشاء محطات رفع لرفع هذه المياه وإعادة استخدامها في ري الزراعات حيث إن العديد من الأراضي بالمحافظة ليس لديها البديل في الري بمياه المصارف بما فيها من أمراض خطيرة. يقول جمعة منيسي "مزارع": إلقاء مخلفات بعض المصانع ومنها مصانع الكيماويات علي المصارف مباشرة دون معالجة يتسبب في تلف التربة والزراعات وإصابة المزارعين بالأمراض وعلي سبيل المثال لا الحصر مصرف العامية بكفر الدوار تلقي فيه أكثر من 20 شركة مخلفاتها من محطات خدمة السيارات بما تحمله من زيوت وشحوم لها تأثير سلبي في الأراضي الزراعية والأسماك مخلفات مصانع الجبنة المنتشرة بالريف والتي تلقي بصرفها المحمل بمواد كيماوية، فضلاً عن إلقاء مخلفات المنازل ومحلات الخضار والفاكهة في المجاري المائية بما تحمله من فواكه عطبة وهناك ما هو أخطر من ذلك فقد تعود أهل الريف علي إلقاء الحيوانات النافقة بالمياه خاصة في فترة انتشار الحمي القلاعية، ومع كل هذا التلوث وتأثيره الضار في الإنسان والحيوانات والأسماك والمزروعات يتم الري من هذه المياه مباشرة أو تعود محطات الرفع لخلطها بمياه الري في الترعة ويعمل علي بعض هذه الترع محطات تنقية مياه صغيرة وهي "الكومباكتي يونت" لتحلية مياه الشرب وتعاد لتوزيعها كمياه شرب.. وأشار محمد لطفي سيف "من أهالي البحيرة" إلي خطورة مشكلة المباني المقامة علي جوانب المجاري المائية كنهر النيل الترع والتي تصرف في النيل مباشرة بدون معالجة لناتج الصرف الصحي. من جانبها أكدت مديرية الري بالبحيرة محدودية الموارد المائية في مقابل الزيادة السكانية واعترفت بأن سياسة وزارة الري تعتمد علي إعادة استخدام مياه الصرف الزراعي لمواجهة مشاكل محدودية المياه خاصة في أشهر الصيف وموسم زراعة الأرز. في غضون ذلك كشف تقرير أن الحكومة تنبهت لتلوث مياه الري منذ عام 4891 وصدر القانون 84 لسنة 2891 والخاص بحماية نهر النيل والمجاري المائية من التلوث وهذا القانون يجرم جميع أنواع الصرف الصحي علي مجاري الري. ويؤكد اللواء محمد شعراوي محافظ البحيرة أنه ستتم تغطية المصارف القريبة من المدن حتي لا تصبح مأوي للفئران وغيرها من الحيوانات والأوبئة الضارة، مشيرا إلي تشكيل لجنة لدراسة مشروعات الصرف وتلوث مياه المصارف والري، يأتي ذلك في الوقت الذي عقد فيه المجلس التنفيذي لمحافظة البحيرة اجتماعه الدوري برئاسة المحافظة وحضور اللواء أمير عباس السكرتير العام للمحافظة ورؤساء المراكز والمدن والأجهزة التنفيذية واستعرض المجلس خطاب الدكتور المنسق العام لمشروع الخطة القومية للموارد المائية بوزارة الموارد المائية والري حيث قامت الوزارة باختيار ثلاث محافظات هي البحيرة والفيوم وقنا كمحافظات استرشادية لتنفيذ مشروع هذه الخطة والتي تعتبر تحديثا للسياسات والخطط المائية السابقة وتعتمد علي مبادئ الإدارة المتكاملة للموارد المائية والتي تجعلها خطة قومية وليست خطة لوزارة الموارد المائية والري فقط، والاستراتيجية المائية لهذه الخطة تحتوي علي إجراءات عديدة تم تقسيمها علي ثلاثة محاور رئيسية وهي تنمية الموارد المائية وتحسين كفاءة استخدام الموارد المائية المتاحة حالياً وحماية الصحة العامة والبيئة.
