تبدأ اللجان الفرعية، مساء اليوم، عقب انتهاء التصويت، عملية فرز الأصوات داخل اللجان، بحضور مندوبي جميع المرشحين، في نفس مكان التصويت، منعا للتلاعب في الأصوات أثناء عملية نقل الصناديق، على أن تقوم اللجنة العامة بجمع الأصوات في كل اللجان، والتأكد من صحتها لإعلان النتيجة النهائية بعد 5 أيام، وتحديدًا في 29 مايو الجاري.. وفي حالة وجود جولة إعادة فإن الانتخابات سوف تستغرق 21 يوم، إذ تبدأ من 23 مايو، وتنتهي في 21 يونيو. اللجنة العليا للانتخابات الرئاسية، وهي اللجنة المخولة وفقًا للإعلان الدستوري، الذي أعلنه المجلس العسكري في بداية المرحلة الانتقالية، عن كافة الأمور الخاصة بالانتخابات في مصر، وهي المسئولة عن نتائجها وعمليات الفرز، وقراراتها محصنة ضد أي طعن وفقًا للمادة 28 من الإعلان الدستوري نفسه، حددت موعد إجراء الانتخابات الرئاسية في يومي الأربعاء والخميس (23 و 24 مايو)، وسط تخوفات سابقة من إمكانية أن يسهم إجراء الانتخابات على يومين في تزوييرها، والتلاعب في الصناديق ليلًا، إلا أن هذه التخوفات سقطت بعد أن جرّب المصريين فكرة إجراء الانتخابات على يومين متتاليين في الانتخابات البرلمانية الأخيرة. ووفقًا للجدول الزمني الذي حددته اللجنة فإن عمليات فرز الصناديق بالداخل تنتهي وترسل المحاضر من اللجان العامة إلى لجنة الانتخابات الرئاسية في يوم 26 مايو، في الوقت الذي منع فيه المشرع ومنعت المحكمة في مصر اللجان الفرعية من الفرز وجمع النتائج، وهو الأمر الذي أثار ضجة واسعة في الشارع المصري، وأبدى تخوفات البعض. ويتم تقديم الطعون على قرارات اللجان العامة في أقصاه اليوم التالي للقرار المطعون فيه حتى يوم 27 مايو، في الوقت الذي حددت فيه العليا للرئاسة أن يتم البت فيما يرد من طعون بشأن أعمال اللجان العامة وقراراتها خلال ثلاثة أيام ويتم إعلان النتيجة النهائية للانتخابات وإخطار الفائز بالرئاسة يوم 29 مايو. ووفقًأ للجدول الزمني المُقرر، فإنه في حالة وجود إعادة بانتخابات الرئاسة، حددت اللجنة يوم 30 مايو لبدء الحملة الإنتخابية لمن يخوضون الإعادة، وتنتهي الحملة الانتخابية في الثانية عشرة ظهر يوم 15 يونيو، وتبدأ عمليات الصمت الانتخابي. وتتم انتخابات المصريين بالخارج في الإعادة لمدة 7 أيام من 3 حتى 9 يونيو، فيما تجرى انتخابات الإعادة في داخل مصر يومي 16 و17 يونيو، على أن ينتهي فرز أصوات جولة الإعادة في يوم 18 يونيو، وتلقي الطعون يوم 19 يونيو، ويتم البت في الطعون وإعلان النتيجة النهائية وإخطار الفائز بالرئاسة يوم 21 يونيو. وفي السياق ذاته، كان بعض القضاة في عدد من اللجان بمنطقة المطرية وعين شمس قد تلقوا بيانات مضللة، أدعى مقدموها على أنها من اللجنة العليا للانتخابات الرئاسي، تفيد بأنه لا يجوز لوكلاء المرشحين حضور عمليات الفرز، إلا أن المستشار فاوق سلطان، رئيس اللجنة، نفى ذلك تمامًا، مطالبًا القضاة بعدم تصديق تلك الشائعات، والسماح فورًا لمندوبي المرشحين لحضور عمليات الفرز، تعزيزًا لشرعية الانتخابات.