حظت التهديدات التي وجهها تنظيم القاعدة بالعراق لمصر بإدانة واشعة وشجب من قيادات الحزب الذين عبروا عن أهمية التصدي بجزم لكل من يهدد الأمن القومي لمصر وأمن الكنائس المصرية كما أكد السيد صفوت الشريف الأمين العام للحزب. قال د. على الدين هلال أمين الإعلام أنه كان من الطبيعي أن يبادر الحزب الوطني بإدانة ما صدر من أقوال تمثل تهديداً لمواطنين مصريين ولأماكن عبادة مصرية وأن يعتبرها تهديداً لأمن مصر لأن أمن المصريين لا يتجزأ، وأى تهديد لأى مجموعة من المواطنين هو تهديد لكل المصريين يجب أن نتصدى له بكل الحزم. واستنكر د. هلال أن تكون أماكن العبادة هدفاً لأعمال إرهابية أو التهديد بها فمثل هذه الأفعال لا يمكن تبريرها أي كان الرداء أو القناع الذي يتخفي ورائه أصحابها فدور العبادة لكل الأديان لها كل الاحترام والتوقير والأمن. وشدد ماجد الشربيني أمين العضوية على وحدة الروابط التي تجمع بين مسلمي مصر وأقباطها، وعلى وقوفهم صفاً واحداً في مواجهة أية تهديدات خارجية مشيراً إلي أنهم مثل أصابع البيانو البيضاء والسوداء لا يمكن أن يعزف لحن الوطن إلا بهما معاً. وأشاد الشربيني بتصريحات السيد صفوت الشريف الأمين العام للحزب والتي عبرت عن رأى جميع قيادات الحزب وأعضائه في كافة محافظات الجمهورية. مؤكداً على أهمية مواجهة الإرهاب أياً كان مصدره وشكله واجتثاث أسبابه، وأن الرئيس مبارك كان أول المطالبين بعقد مؤتمر دولي للإرهاب. وأوضح د. محمد حسن الحفناوي أمين المهنيين بأن تحذيرات القاعدة يجب أن تؤخذ بجدية شديدة لأن تنظيم القاعدة هو تنظيم إرهابي يقوده متطرفون ليس لديهم أية مشاعر إنسانية، وهدفهم الأصلي هو الترويع والدمار، وأن أجهزة الدولة المختلفة تقوم بدورها في هذا السياق. وأكد د. نبيل حلمي عضو المجلس القومي لحقوق الإنسان ورئيس لجنة حقوق الإنسان بالحزب أن ما يحدث داخل مصر بين المصريين شأن داخلي بحت، فمهما اختلفنا داخل الدار لاي سبب من الأسباب سواء أسباب سياسية أو دينية مفتعلة فإننا شعب واحد ودولة واحدة لا تقبل الوصاية لأى سبب، وهذا يتفق مع قواعد القانون الدولي بشأن السيادة وعدم التدخل، وأوضح د. حلمي أن ما تثيره القاعدة عبث غير مقبول من كل المصريين فهى جماعة إرهابية تبحث عن دور وعن أضواء، وأن صورتها الحقيقية قد انكشفت وبرزت أدوارها في خدمة تيارات سياسية متطرفة مقابل أموال أو مصالح معينة.