حذرت منظمة العفو الدولية من تزايد انتهاكات حقوق الإنسان في السودان أثناء الاستفتاء حول استقلال الجنوب. فقد نزح آلاف الأشخاص نزوحاً داخلياً نتيجة الهجوم العسكري الذي شنته قوات الحكومة على إقليم دارفور، بينما انصب اهتمام المجتمع الدولي على الإعداد للاستفتاء والمفاوضات من أجل اتفاقية سلام لدارفور. وقد شابت الانتخابات التي جرت في أبريل 2010 انتهاكات لحقوق الإنسان وتهديدات لحرية التعبير في كل من جنوب السودان وشماله وتشعر منظمة العفو الدولية بالقلق من أن هذه الانتهاكات قد تظهر مرة أخرى خلال الاستفتاء أو بعده. وقالت منظمة العفو الدولية: "إن حقوق الإنسان يجب أن تكون في صميم هذا الاستفتاء ، وإن حكومة الوحدة وحكومة جنوب السودان يجب أن يوضحا أن انتهاكات حقوق الإنسان لن تكون موضع تسامح. وأن احترام حقوق الإنسان وحمايتها وتعزيزها في السودان أمور حيوية لنجاح هذا الاقتراع التاريخي" وقد عاد مؤخراً وفد لمنظمة العفو الدولية من جوبا في جنوب السودان حيث أجرى تقييماً لأوضاع حقوق الإنسان قبيل الاستفتاء. ويشكل الاستفتاء جزءاً من اتفاق السلام الشامل الذي وقعته كل من حكومة السودان والجيش الشعبي لتحرير السودان في يناير/ كانون الثاني 2005. ومنذ ديسمبر 2010 نزح أكثر من 20 ألف شخص نزوحاً داخلياً في دارفور خلال الهجمات التي شنتها حكومة الخرطوم في أنحاء مختلفة في شمال وجنوب دارفور، وقد شملت الهجمات مخيمات النازحين في دار السلام وشنقيل توبايا وخور أبتشي. وذكرت منظمة العفو الدولية أن " المفاوضات والترتيبات التي جرت في عامي 2004 و 2005 لتوقيع اتفاق السلام الشامل بين شمال السودان وجنوبه قد سمحت بوقوع الهجمات والنزوح والجرائم المرتكبة في دارفور دون أن يلحظها المجتمع الدولي. ويجب ألا يتكرر هذا الخطأ". كما نبهت منظمة العفو الدولية إلى أنه إذا لم يسمح للأشخاص بحمل جنسية أو مواطنة مزدوجة في كل من شمال السودان وجنوبه فينبغي أن تكون لهم الحرية في اختيار الجنسية أو المواطنة التي يريدون.