أمر المستشار هشام بركات، النائب العام، بإحالة المرشد العام للجماعة الإرهابية و50 من قيادات التنظيم الإرهابى إلى المحاكمة الجنائية لإعدادهم غرفة عمليات لتوجيه تحركات التنظيم بهدف مواجهة الدولة أثناء فض اعتصام رابعة وإشاعة الفوضى فى البلاد. وقد كشفت التحقيقات التي أجرتها النيابة العامة, أنه في أعقاب ثورة 30 يونيو وأثناء الاعتصام الذي دعت له الجماعة الإرهابية بمنطقة رابعة العدوية, أعد المتهمان محمد بديع, ومساعده محمود غزلان, مخططًا لإشاعة الفوضى في البلاد, واقتحام أقسام الشرطة, ومؤسسات الدولة والممتلكات الخاصة للمواطنين وإشعال النيران فيها, للإيحاء للدول الحارجية, بفقدان الحكومة السيطرة على زمام الأمور بالبلاد, في محاولة لإسقاط الدولة, وتغيير شكل حكومتها, والإعلان عن حكومة بديله تشكلها الجماعة, وأعد التنظيم الدولي غرفة عمليات لمتابعة تحركات أعضائه بالقاهرة والمحافظات, والإشراف على تنفيذ المخطط. وفي أعقاب الإجراءات التي اتخذتها الدولة لفض اعتصام رابعة, تم نقل غرفة العمليات إلى مقر بديل تفاديًا لرصده من قبل الأجهزة الأمنية, وعقدوا لقاءً تنظيميًا اتفقوا خلاله على تنفيذ المخطط, وتوزيع الأدوار بينهم بالتنسيق مع اللجان الإلكترونية لإعداد مشاهد وصور غير حقيقية توحي بسقوط قتلى, وجرحى بين المعتصمين, وإعداد تقارير صحفية للإيحاء باستخدام الأمن للقوة المفرطة, ومخالفة المعايير الدولية لحقوق الإنسان وتوسيع نطاق الاعتصام بمناطق أخرى بالقاهرة والجيزة, تنظيم مسيرات مسلحة بهدف ترويع المواطنين, وتكليف أعضاء التنظيم بمراقبة المنشآت الشرطية وأوقات ضعف التامين, للهجوم عليها, وتنفيذ الأعمال الإرهابية. كما توصلت التحقيقات أن بعض المتهمين تولوا مهمة الدعم اللوجيستي لتنفيذ المخطط بتدبير الأموال و الأدوية وأجهزة التصوير, ومعدات المونتاج والحواسب الآلية, وزيادة الدعم الدعوي والتربوي للمشاركين, ونقل المعلومات والتكليفات. كما كشفت التحقيقات أن التنظيم أنشأ عدة مراكز إعلامية لتعاونه على تنفيذ المخطط, ومن بينها شبكة رصد, واشترك في هذه المراكز الخبراء الإعلاميين للتنظيم, ومنهم مؤسس ومدير شبكة رصد, ومذيعون بقناة أمجاد الفضائية ,ومصر 25,ومحررون بمواقع إخوان أون لاين وإخوان ويكلي, ونافذة مصر,وصحفيون من أجل الاستقلال, وأن تلك المراكز كانت دائمة التنقل بين مقرات عديدة لتفادي ضبطهم أثناء بث الأخبار الكاذبة منها أن "المخابرات الحربية تقود مؤامرة على المتجمهرين بميدان رمسيس.. وأن مروحية للقوات المسلحة تحمي مسلحين يحملون أعلام القاعدة اعتدوا على عناصر من جماعة الإخوان.. وأن القوات المسلحة استخدمت مجندًا ليدعي أنه مسلح مقبوض عليه.. وأن ثوار الشرعية حاصروا الوزارات.. وأن القوات المسلحة والشرطة يقتلون العلماء والنساء والأطفال". وتمادوا فى كذبهم بأن أذاعوا عبر قناة الجزيرة خبراً بعنوان "مصر فى حالة اضطراب" ودعموه بصور ملفقه لشخص لوثت الدماء ملابسه وقام آخر بكشف ملابسه لعلاجه فظهر أنه بدون إصابات، وأن القناة خصصت حلقة لأحد البرامج لتناول خبر كاذب عن إطلاق قوات الأمن قنابل الغاز على المتواجدين بمسجد الفتح فى حين تبين أن أحدهم أستخدم مطفأة حريق للإيحاء بتصاعد أدخنة كثيفة داخل المسجد. وتمكنت الشرطة من تنفيذ إذن النيابة العامة بضبط المتهمين وتفتيش المقرات والمراكز السالف بيانها فعثرت على مبالغ مالية طائلة بعملات محلية وأجنبية مختلفة معهم وأوراق متعلقة بالقوات المسلحة والشرطة وأوراق تنظيمية خاصة بأنواع الأسلحة ووصف التحركات ببعض المناطق وعدد هائل من بطاقات الائتمان البنكية والهواتف المحمولة وهواتف الثريا المتصلة بالأقمار الصناعية والكاميرات والحواصل الألية وبطاقات الذاكرة ووسائط التخزين وأوقية الرأس وأقنعة الغاز، كما تمكنت من ضبط صلاح سلطان أثناء محاولة هروبه إلى السودان وضبط المتهم هانى صلاح الدين الصحفى بجريدة اليوم السابع أثناء محاولة هروبه إلى لبنان. وقد قامت النيابة العامة باستجواب المتهمين المقبوض عليهم ومواجهتهم بالأدلة وأقر الكثير منهم بالانضمام للجماعة الإرهابية ومشاركتهم فى اعتصام رابعة وقيامهم بمهمات خاصة تم تكليفهم بها فى ذلك الإطار ومن بينهم المتهم جهاد الحداد الذى أقر بأن الجماعة هى من أسست كيانًا تحت مسمى التحالف الوطنى لدعم الشرعية وأنه تولى التحدث عنها إعلاميًا وكان يعقد المؤتمرات الخاصة بها بقاعة مسجد رابعة العدوية وبعض فض الاعتصام، أقام بإحدى الوحدات السكنية حتى تاريخ ضبطه، وأجرى خلال تلك المدة حوارات باللغة الإنجليزية مع عدد من القنوات والصحف الأجنبية عن الوضع السياسى بالبلاد. كما أقر المتهم سامحى مصطفى أحمد، أنه كان يعمل بدولة قطر وأنه ينتمى فكريًا للجماعة الإرهابية وأنه أنشا شبكة رصد الإخبارية على موقع التواصل الاجتماعى facebook ، ويشغل منصب المدير التنفيذى لها، كما أقر المتهم محمد محمد مصطفى العادلى أنه كان يعمل بقناة أمجاد الفضائية ومراسلا بقناة الجزيرة مباشر وأرسل إليها أخبار منها "طائرة تقتنص مصور ، فض التجمهر عملية إبادة كارثية". وقد أمر النائب العام بإحالة 32 متهماً محبوسين إلى محكمة الجنايات مع ضبط وإحضار المتهمين ال 19 الهاربين وحبسهم احتياطيًا على ذمة القضية.