مخاوف وجدل سياسى كبير أثارها منح اللجنة العليا للانتخابات عددًا من المنظمات والجمعيات التابعة لجماعة الإخوان المسلمين حق مراقبة الاستفتاءات والانتخابات المقبلة، حيث منحت اللجنة العليا للانتخابات حق مراقبة الاستفتاء والانتخابات المقبلة ل67 مركز ومنظمة محلية ودولية من بينها أهم مركز حقوقى تابع لجماعة الإخوان مركزا «سواسية لحقوق الإنسان». تباينت وجهة نظر الحقوقيين والسياسيين بشأن إعطاء تصاريح لمنظمات إخوانية أو مما يوصف بالخلايا النائمة للإخوان، ففى حين استنكر البعض هذا الإجراء لأن من شأن تلك الجمعيات استخراج آلاف التصاريح بالمراقبة لأعضائها، رغم عدائها الشديد للاستفتاء على اعتبار أنه سيعد اعترافا رسميا بثورة 30 يونية، ونهاية لحلمهم فى العودة مرة أخرى للحياة السياسية، فى حين رأى آخرون أن منع تلك الجمعيات عن مراقبة الاستفتاء من شأنه أن يثير كثيرا من الشكوك حول نزاهة الاستفتاء، وأن بإشراكهم فى المراقبة على الاستفتاء سيقطع عليهم الطريق فى الطعن فى مصداقية الاستفتاء. وصف المهندس محمد الأشقر، المنسق العام لحركة «كفاية» إعطاء تصاريح لمنظمات إخوانية للمراقبة على الاستفتاء بالتخاريف، والجنون متسائلا: «ماذا تتوقع اللجنة العليا للانتخابات من مراقبى منظمات مجتمع مدنى إخوانية أو محسوبة عليهم، لماذا تهتم جماعة الإخوان بمراقبة الاستفتاء والانتخابات؟، وسوف تستخرج الآف التصاريح بالمراقبة لأعضائها، رغم أنها لا تعترف بثورة يونية وخارطة الطريق، وستمتنع عن التصويت فى الاستفتاء المقبل، ولم ترفض التصالح للمشاركة فى الحياة السياسية. وتابع «الأشقر» الجماعة ليست طرفا محايدا ليراقب الانتخابات، بل بالعكس هى تريد تفجير الاستفتاء والانتخابات وإثارة العنف والبلبلة، بل تنتهج العنف والتخريب. وأوضح «الأشقر» أن هناك فارقا كبيرا بين منظمات حقوقية تتخذ من العمل الحقوقى هدفا لها وبين منظمات حقوقية ذات طابع سياسى، ولها مأرب من مشاركتها فى المراقبة على الاستفتاء، مطالبا اللجنة العليا للانتخابات بالتراجع عما وصفه بالخبل وعدم إدراك حجم القلاقل التى سيثيرها أتباع جماعة الإخوان، مؤكدا أن الهدف الأول والأخير للجماعة هو تشويه صورة الاستفتاء أمام العالم الخارجى، وإثبات أن هناك وقائع تزوير ليفتح الباب للطعن عليه مرة أخرى. واتفق معه فى الرأى الناشط الحقوقى أمير سالم، متسائلا عن استمرار تلك المنظمات المشبوهة فى عملها الى الآن فى مصر، رغم صدور حكم قضائى بحلها، وأكد أن السماح بمشاركة تلك المنظمات فى الاستفتاء خطأ جسيم، لأنه ليس من المفترض أن تكون هناك منظمه حقوقية ذات أبعاد سياسية سواء يمينية أو اشتراكية أو غير ذلك لأن من شأنه توجيه وقلب الحقائق، وأن وجود مراقبين منتمين لجماعة الاخوان من شانه إفساد الاستفتاء لأنهم سيتصيدون الاخطاء وسيكذبون. واستطرد «سالم» تلك ثغرة خطيرة سيسعى من خلالها تحالف دعم الإخوان، إلى الحصول على آلاف التصاريح من اللجنة العليا للانتخابات للتواجد فجرا داخل اللجان والسيطرة على الصناديق قبل وصول المراقبين الآخرين التابعين للجمعيات الأخرى، والتوجيه على المصوتين. من ناحية أخرى رفض المستشار عادل عبدالباقى، نائب رئيس حكومة الوفد ووزير حقوق الإنسان والثقافة، منع منظمات حقوقية تابعة للإخوان من الرقابة على الاستفتاء، مؤكدا أن موافقة العليا للانتخابات على مشاركتهم فى الاستفتاء فى محله وقرار صائب لأن من شأنه أن يغلق الباب على أى تشكيك فى مصداقية الاستفتاء. وتابع: حتى لو أنه من المتوقع أن يثير مشاركة الإخوان قلاقل داخل اللجان فإن منعهم نهائيا سيثير الشكوك وستستغله الجماعة فى تشويه يوم الاستفتاء أمام الرأى العالمى للنيل من الدستور القادم، لافتا الى ضرورة أن يكون هناك تشديد على رؤساء اللجان والتأكد من عدم انتمائهم لأى فصيل سياسى. ودعا «عبدالباقي» جموع المصريين للنزول والمشاركة فى الاستفتاء ب«نعم» على الدستور للمضى قدما فى تنفيذ خارطة الطريق. واتفق معه فى الرأى الناشط الحقوقى مالك عدلى مشددا على حق الجميع فى المراقبة على الاستفتاء، وضرورة مشاركة وفد من الأممالمتحدة للرقابة على الاستفتاء منعا للتشكيك فى نتائج الاستفتاء. وأكد أن هناك صعوبة كبيرة فى التفرقة بين الإخوانى وغير الإخوانى، كما أنه ليس كل معارض للاستفتاء إخوانيا، وأن الفيصل فى التعامل مع جدية التقارير التى تخرجها المنظمات هى سمعة المنظمات، وأن هناك عددا قليلا يعد على أصابع اليد الواحدة، فضلا عن عدد من المنظمات الأجنبية التى يوصف مراقبتها على الاستفتاء أو غيره على أنه تدخل أجنبى فى شئون البلاد وهو أمر غير صحيح على الإطلاق.