يُلقب بحريف السينما الواقعة أو مشاكس السينما المصرية، الذي يعتقد الجميع أنه مصري أبًا عن جد، بسبب حبه وولعه بالشوارع والملامح المصرية الأصيلة، لكنه في الحقيقة باكستاني حاصل على الجنسية المصرية. عرف عن محمد خان بأنه ديكتاتور في تنفيذ أعماله، فلا يقبل تعديلات من الأبطال ولا يريد ناقش حول رؤيته وطريقة إخراجه للعمل، مما أدي إلى وقوعه في أزمات مستمرة مع أبطال أفلامه. ومن أشهر خلافات محمد خان مع الفنانين كانت كالآتي: 1.أحمد زكي: كان الراحلين محمد خان وأحمد زكي دائما في نقاش حاد وخلاف، بمجرد دخولهم أي عمل فني معًا، وذلك بسبب عصبيته وعدم تقبلهم الرأي الآخر بسهولة، فكان كل منهما يريد أن ينفذ رؤيته، مما أدي إلى وقوع العديد من الخلافات، لكن في النهاية ظلوا أصدقاء. وكان الخلاف في المرة الأولى، بين خان وزكي، أثناء تصوير فيلم الحريف عام 1984، والذي قرر المخرج السينمائي أن يخرج النمر الأسود من طاقم العمل، واستبداله بالزعيم عادل إمام، بسبب عدم تنفيذ تعليمات خان، حيث كان يري الشخصية بشعر كنيش وشنب وصاحبة وجه ناشف، لكن أحمد زكي قرر أن يحلق رأسه قبل الذهاب إلى أول يوم تصوير. وهذا ما أدي إلى اشتعال النيران بين الطرفين وقيام مشاجرة بينهما، لعدم تنفيذ زكي تعليمات خان، والذي قرر أن يستبدله بعادل إمام، وبالفعل تم تصوير الفيلم، لكن المفارقة الغريبة أن العمل الفني لم يحقق إيرادات كما كان متوقع، وهذا ما أزعج عادل إمام، وقرر أنه لن يعمل مرة أخرى مع خان طوال حياته، والمفارقة الأكثر غرابة، هي تصدر فيلم أحمد زكي "النمر الأسود" لشباك التذاكر في نفس موعد عرض فيلم الحريف. الخلاف الثاني الذي وقع بين زكي وخان، جاء أثناء تصوير فيلم "أيام السادات" عام 2001، وذلك لأن أحمد زكي كان متحمسًا للغاية لهذه الشخصية ويحلم بها منذ فترة طويلة، حتى قرر أنه سينتج العمل بنفسه، وهذا ما جعله يتحدث دائما عن المصاريف وكان عصبي الطباع خلال هذه الفترة. وحكي خان عن هذه التجربة أثناء استضافته مع الإعلامية "منى الشاذلي" في برنامج "معكم مني الشاذلي" في عام 2016، وقال إن العملية بينهما لم تفلح، ووصلت الأمور لإيقاف التصوير، وسافرت أسبوعين بره مصر لحين تهدى الأمور، ولما رجعت كملنا تصوير، وعودنا للخلاف مرة تانية، فقرر أحمد زكي اللجوء إلى آخرين، ثم عاد لي واستكملنا الفيلم للمرة الأخيرة". 2.سعاد حسني عمل المخرج محمد خان مع السندريلا سعاد حسني في فيلم "موعد على العشاء" عام 1981، وكان هو يريد تصوير مشهد رومانسي بطريقة مختلفة عن المكتوبة في السيناريو، لكن سعاد طلبت منه أن يصور المشهد بالطريقتين، ويتم اختيار الأنسب. قال خان عن هذا الموقف: "أنا طبعا كان دمي حامي وقمت عملت الطريقة اللي أنا عايزها الأول، وروحت قعدت في أوضتي لحد ما يجهزوا إضاءة الطريقة التانية، وبعد شوية لقيت خبط على الباب ودخلت عليّا فقلت لها: يا مدام سعاد أنا مش عيل صغير وهعمل المشهد بطريقة واحدة بس وعيب تكسفيني قدام الناس، هي تفهمت ده وخدتني من إيدي وطلعت بره وقامت مطفية النور ومعملناش بالفعل الطريقة المكتوبة ووقفت معايا، ومن لحظتها علاقتنا بقت ممتازة حتى آخر أيامها". 3.عايدة رياض: كشفت الفنانة عايدة رياض عن خلاف وقع بينها وبين المخرج محمد خان، عام 1988، أثناء تصوير فيلم "أحلام هند وكاميليا"، حيث قالت: "الفيلم كان نقطة تحول في حياتي، ولكن اتمرمط بيا الأرض بسبب". وتعود أحداث الواقعة عندما وصلت عايدة رياض إلى مكان التصوير، متأخرة عن موعدها بساعة واحدة، نظرًا لظروف مرض والدها، وعلى الرغم من التزامها الدائم، إلا أنه لم يشفع لها أمام المخرج محمد خان الذي ثار في وجهها، وانفعل عليها، فقالت: "لما دخلت قالي من المنقي خيار ومسح بيّا البلاط، عيّطت كتير ومدام نجلاء فتحي صالحتني وقالتلي: أستاذ محمد خان بيحبك، رديت عليها وقولتلها: بيحبني إيه ده بهدلني، وبعدها دخلت قولتله برقة كبيرة: بلاش تزعل مني، وطبطب عليّا وباسني وقالي متزعليش".
