أدلى الشيخ محمد حسين يعقوب بشهادته في قضية "داعش إمبابة"، ورد على ما ورد في أقوال أحد المُتهمين بأنه استقى أفكاره من مشايخ عدة بينهم هو نفسه. وسأل القاضي لافتاً لأقوال أحد المُتهمين بأنه أخذ تعاليمه وأفكاره من بعض المشايخ، ومنهم أبو إسحاق الحويني ومحمد حسان ومحمد حسين يعقوب ومصطفى العدوى. ليجيب الشاهد بأن أبو إسحاق الحويني يُخاطب طلبة العلم، فيما يُخاطب محمد حسان فئة المُلتزمين، فيما يُخاطب هو عوام الناس. وشدد "يعقوب" على أنه ليس له علاقة بالسياسة، وأنه مُهتم بما أسماه "علم القلوب والسير إلى الله"، وشدد في حيثه عن أصحاب الفكر السلفي بأنه لا ينتسب لأي حزب أو جماعة أو مُسمى، وأضاف: "أحب كلام الله ورسوله وأتبعهما"، نافياً معرفته بمعنى "الفكر الجهادي". تُعقد الجلسة برئاسة المستشار محمد السعيد الشربيني، وبعضوية المستشارين عصام أبو العلا وغريب عزت وسعد الدين سرحان، وأمانة سر أشرف صلاح. وأسندت النيابة للمتهمين تولى قيادة جماعة إرهابية الغرض منها الدعوة إلى الإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع ومصالحه وأمنه للخطر، وتعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والحريات والحقوق العامة والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي والأمن القومي. وأوضحت، أن المتهم الأول تولى تأسيس وإدارة خلية بالجماعة المسماة "داعش" التي تدعو لتكفير الحاكم وشرعية الخروج عليه وتغيير نظام الحكم بالقوة والاعتداء على القضاة وأفراد القوات المسلحة والشرطة ومنشآتهم، واستباحة دماء المسيحيين واستحلال أموالهم وممتلكاتهم ودور عبادتهم، واستهداف المنشآت العامة، وكان الإرهاب من الوسائل التي تستخدمها هذه الجماعة لتحقيق وتنفيذ أغراضها الإجرامية على النحو المبين بالتحقيقات. وأسندت النيابة للمتهمين تهم الانضمام لجماعة إرهابية مع علمهم بأغراضها، وارتكاب جريمة من جرائم تمويل الإرهاب وكان التمويل الجماعة إرهابية، بأن حازوا وأمدوا ووفروا للجماعة أموالا ومفرقعات ومعلومات، بقصد استخدامها في ارتكاب جرائم إرهابية.