الإسلام هو الديانة الرسمية للدولة ويعد غالبية سكان مصر مسلمين بنسبة 94٫7٪ من تعداد السكان على المذهب السنى وتوجد أقلية بسيطة منهم تتبع المذهب الشيعى وبعض الجماعات الصوفية. بعد أن دانت مصر بعد فتحها للخلافة الإسلامية وتوطدت سلطة المسلمين فيها صارت أولويات المسلمين تأسيس دولة جديدة، لم تكن الإسكندرية صالحة لتصبح عاصمة لها، فبادر العرب إلى بناء مدينة الفسطاط وأسسوا بها مسجداً جامعاً، وهو المسجد العمرى، نسبة إلى عمرو بن العاص، الذى لم يكن مسجداً فحسب بل أشبه بمركز الدولة، حيث يجتمع فيه الوالى بكبار رجال دولته. فتح عمرو بن العاص مصر أيام الخليفة عمر بن الخطاب رضى الله عنه عام 20 هجرية- 641 ميلادية، وأصبحت جزءا من دولة الإسلام. ومن أهم المميزات الإسلامية فى مصر الجامع الأزهر وهو أشهر مسجد للعلوم والفكر الإسلامى منذ إنشائه قبل أكثر من ألف عام، ويعد أهم المعالم الإسلامية فى مدينة القاهرة وفى مصر كلها، فعندما جاء جوهر الصقلى إلى مصر عام 358 هجرية- 369 ميلادية من قبل الخليفة الفاطمى المعز لدين الله الفاطمى لفتحها لينهى عصرالدولة الطولونية ويبدأ عصر الدولة الفاطمية، وإذا كان جامع عمر بن العاص هو أول جامع بنى بمصر الإسلامية فإن جامعة الأزهر هو رابع الجوامع التى بنيت بها وأول جامع بنى بمدينة القاهرة. يؤمن المسلمون بأن الرسول (صلى الله عليه وسلم) تنبأ وبشر بفتح مصر قبل حصول هذا الأمر بسنوات عديدة وروى ذلك فى حديث رواه الإمام مسلم بن الحجاج فى صحيحه عن جابر بن سفرة عن نافع بن عتبة عن الرسول (صلى الله عليه وسلم) أنه قال: «تغزون جزيرة العرب فيفتحها الله ثم فارس فيفتحها الله ثم تغزون الروم فيفتحها الله ثم تغزون الدجال فيفتحه الله». ومن المعروف أن مصر كانت جزءاً من بلاد الروم، وكذلك فقد أخبر الرسول (صلى الله عليه وسلم) بفتح مصر ودعا إلى الإحسان إلى أهلها إكراماً لهاجر أم سيدنا إسماعيل وزوجة نبى الله سيدنا إبراهيم، كما أخبر بدخول أهلها فى الإسلام واشتراكهم مع إخوانهم فى التمكين. فقد ورد عن أبى ذر الغفارى أنه قال: قال رسول الله (صلى الله عليه وسلم): إنكم ستفتحون مصر وهى أرض يسمى بها القيراط، فإذا فتحتموها فأحسنوا إلى أهلها، فإن لهم ذمة ورحمة، وإذا رأيت رجلين يختصمان فيها فى موضع لبنة فاخرج منها.