تسود حالة من التخوف والقلق على مؤسسة الأزهر من سيطرة الجماعات المتطرفة عليه حيث اعتبرت جماعة الإخوان والتيارات الإسلامية مؤسسة الأزهر عقب ثورة يناير بمثابة هدف استراتيجى لابد من احتوائه لضمان تماشى فكر الأزهر مع فكر تلك التيارات وظهر ذلك جليا بالاستيلاء على المساجد وتسييس منابرها واستعمالها للوصول لمآربهم السياسية فضلا عن استعلاء عدد من الخطباء المتطرفين منبر الجامع الأزهر بدءا من إسماعيل هنية رئيس الحكومة الفلسطينية، مرورا بمرشد الإخوان محمد بديع ونهاية بالعالم الشهير يوسف القرضاوى، الذى أدان فى خطبته فى الأزهر الحكومات الإسلامية العلمانية، وهو الأمر الذى أثار قلقا لدى عدد من المسئولين فى الشرق الأوسط، من أن يتأثر المسلمون السنة بهذه الأصوات المتطرفة لا فى الشرق الأوسط فحسب، بل بين الجاليات الإسلامية فى أوروبا وفى جميع أنحاء العالم. فضلا عن الاتجاه للاساءة لشيخ الأزهر والتطاول على المؤسسة العريقة بالافتراءات والأحاديث الكاذبة بعقد صفقات تمت بين الأزهر وبعض التيارات من أجل منح شيخ الأزهر سلطة مطلقة فضلا عن الخداع والمكر من تلك التيارات لتمرير مواد فى الدستور تعد كارثية والتى جردت الأزهر من هويته حسب تأكيدات العلماء. فبعد ثورة يناير استعادت تلك الجماعات أدوارهم، وخاصة بعد وصول محمد مرسى لمنصب رئيس الجمهورية لدرجة ان الصحف الأجنبية تناقلت على صفحاتها أن مؤسسة الأزهر اصبحت تحت التهديد، مع سعى العناصر الأكثر تشدداً للسيطرة على المؤسسة الأزهرية المعروفة منذ القدم باعتبارها منارة محترمة للاعتدال وخاصة بعد الدستور الذى منح الأزهر سلطة استثنائية لإصدار أحكامه حسب صحيفة الواشنطن بوست والتى كشفت بأن الاخوان المسلمين انتظروا سنوات طويلة حتى تسنح لهم الفرصة فى التحكم فى الأزهر واوضح تقرير نشر بالصحيفة انه اذا نال الاخوان مرادهم سوف ينتهى الاسلام المعتدل من العالم الاسلامى والأمر الذى يمثل تحديا كبيرا للمنطقة والتى بدأت الكثير من الدول العربية فيها من الشعور بالقلق اذا تم التحكم فى الأزهر من قبل الاخوان فى مصر كما صرحت مصادر بالأزهر ان البرلمان الذى سينتخب فى مطلع العام القادم سيحاول إبعاد الشيخ أحمد الطيب بدعوى ان تم تعيينه حسب الدستور القديم ، وإن»الإسلاميين المتطرفين حاولوا أنه يشوهوا صورة الدكتور احمد الطيب، للاستيلاء على منصب شيخ الأزهر من قبلهم، موضحا انه إذا حدث ذلك فسوف تكون كارثة كبري, واكد الدكتور احمد كريمة استاذ الشريعة جامعة الأزهر ان مؤسسة الأزهر والتى يفخر بها كل مسلم بأنها المرجعية العلمية التى يقصدها المسلمون سيتم تقزيمها لأدنى درجة فى تاريخها مشيرا الى ان هؤلاء الشيوخ المتسلفين الوهابيين ومن معهم من الإخوان القطبيين لم يهدأوا الا بتحجيم دور الأزهر واوضح انهم سيأخذون المادة الرابعة والتى جردت الأزهر من كونه المرجعية الوحيدة فى العلوم والدعوة الإسلامية بالاضافة الى الفقرة العنصرية من المادة 219 وهى مذاهب أهل السنة والجماعة والتى ستحدث تضاربا مجتمعيا وصراعا طائفيا كل هذا سيجعل من التواجد السلفى موازيا او مشاركا للأزهر ان لم يكن بديلا عنه واشار كريمة الى ان تواجد هؤلاء كارثة من الكوارث لان الوهابية المتسلفة يعدون العدة للانقلاب على احكام فقهية وعقائدية على حسب الاجندات والرؤية الوهابية المتسلفة واضاف ان المرحلة القادمة سيكون تهميش العلماء الراسخين بالأزهر الشريف ممن ليس لهم شللية معينة عند صناع القرار الأمر الذى يساعد على تغول من جماعات العنف الفكرى والمسلح من اشياخ الوهابية على حساب الأزهر واشار د. كريمة انه بكل أسف ضاع الإسلام تحت اقدام النخاسة الفكرية والتعصب المذهبى من شيوخ لا يحملون مؤهلا شرعيا ويتحدثون بألفاظ السباب للرسول والصحابة واساءوا للدين بشكل يفوق اساءة عتاة المستشرقاين على مدى التاريخ للإسلام واوضح انهم أعطوا أسلحة للشيعة فى ايران والمستشرقين فى الغرب ينتقصون من قدر الصحابة والاسلام. واضاف ان الرسول قال: «ان من علامات الساعة ان يتحدث الرويبضة فى دين الله قيل من هم الرويبضة قال الرجل التافه يتحدث فى امور العامة». وحذرت الدكتورة آمنة نصير استاذ العقيدة والفلسفة الاسلامية من خطورة الأمر فى المرحلة القادمة اذا لم يجتمع علماء وشيوخ الأزهر الأجلاء ويتسلحوا ويتقووا بالعلم وصحيح الدعوة على المنابر والا فسوف يكتسح قامة الأزهر وقيمته بألوان مختلفة من المتربصين به من التيارات المختلفة والتى تسيىء للدين الاسلامى موضحة انه لو حدث هذا لا قدر الله لن يكون فى صالح الأزهر ولصالح الأمة الاسلامية وسوف يكون هناك نوع من خيبة الأمل للشعب الذى ظل الأزهر على مر العصور الملاذ الآمن للأمة بمرجعيته الوسطية المعتدلة. وطالبت د. آمنة التيارات الاسلامية وبعض الأطراف المتطرفة والمتطلعة التعقل فيما يقولون ويصرحون ويبيتون من نوايا ربما تخفى على من حولهم ولكنها لا تخفى على الله وناشدت الأزهر ان يستوعب ما يدور فى الساحة وما يحاك فى السر والعلن ومن تلك التيارات المتربصة ويجعله بمثابة اللمبة الحمراء وان يأخذ الانتباه وان يستعد علماء الأزهر الأجلاء واساتذة الجامعة بالمؤسسات الأزهرية المختلفة بالترابط لمواجهة تلك التيارات مشيرة الى ان النجاة الوحيدة للشعب ولهذا الدين الاسلامى الوسطى فى استيقاظ الأزهر وعلمائه.