أنكر المتهمون بقضية "حرق كنيسة كفر حكيم"، الإتهامات المسندة اليهم، وذلك في أولى جلسات إعادة محاكمتهم امام محكمة جنايات القاهرة، برئاسة المستشار شعبان الشامي. وتلت النيابة العامة، أمر الإحالة بحق المتهمين وعددهم 21 ، وطلبت النيابة تطبيق مواد الإتهام، وسألت المحكمة المتهمين:"هل إرتكبتم تلك الإتهامات؟" ، لينفي المتهمون داخل القفص الإتهامات كاملة. والمتهمون المعاد محاكمتهم هم اشرف حلمي القهاوي ووائل محمود ومحمود رفاعي و محمد عبد الستار و خضر همام وعبد القادر فهيم ومحمد حبشوت وحسن عبد العظيم وعادل عبد الفتاح وحاتم السيد واحمد سعيد ومحمود سعد ومحمد صلاح وصبري محمد سطوحي ومحمد سامي وهاني سعد حنفي وجلال حبشوت واحمد محمد وياسر فرج وحسام حمدي ومحمود ايمن. وأسندت النيابة للمتهمين إتهامات من بينها تهمة الإنضمام إلى جماعة أسست على خلاف أحكام القانون والدستور، وإحراز أسلحة نارية وذخائر غير مرخصة وأخرى ممنوع ترخيصها والشروع فى القتل وإضرام النيران عمدًا فى منشأة دينية بكنيسة مريم العذرا بكفر حكيم وقطع الطريق العام أمام حركة سير المواصلات العامة، ومقاومة السلطات.