انضم محمد خليفة لاعب وسط فريق الشباب السابق بالنادي الأهلي إلى صفوف فريق لوشويس البرتغالي الذي يلعب في دوري المحترفين بالبرتغال في صفقة انتقال حر بعد أن نال إعجاب المسئولين في النادي خلال الفترة الأخيرة. ولعب خليفة عدة مواسم في قطاع الناشئين بالنادي الأهلي وانتقل بعد ذلك إلى صفوف الزمالك، لكنه سريعًا ما قرر خوض تجربة الاحتراف عبر بوابة فريق لوشويس الذي أشاد مسئوليه بقدرات اللاعبين وأكدوا أنه صاحب موهبة مميزة.