رصدت منظمات حقوقية عددًا من الانتهاكات التي حدثت في مظاهرات 25 إبريل، وأكدت المنظمات الحقوقية أن قوات الأمن المصرية قامت بحملة اعتقالات عشوائية لكثير من المواطنين والصحفيين والمراسلين والنشطاء السياسيين، أبرزها قيام مجهولين باختطاف علاء عبدالمنعم البطل، الطالب بالفرقة الثالثة بكلية الهندسة جامعة المنصورة، والمقيم بالمحلة الكبرى، من محيط محطة مترو البحوث في سيارة ميكروباص، ولا يزال مكانه مجهولاً إلى الآن، كما تلقت وحدة الدعم القانوني بالشبكة العربية لمعلومات حقوق الانسان بلاغ بالقبض على سبعة شباب وترحيلهم إلى الأمن الوطني في الأميرية، وقد ألقت قوات الأمن القبض على الأكاديمية هناء فوزى محمد على، من أمام نقابة الصحفيين بوسط القاهرة، واحتجزتها داخل سيارة الترحيلات. ورصدت غرفة عمليات الصحفيين هجمة تعرضت لها الصحافة المصرية خلال أداء الصحفيين لعملهم فى تغطية الدعوات الرافضة للتنازل عن جزيرتى «تيران» و«صنافير»، وامتدت الهجمة على الصحافة المصرية إلى مقر نقابتهم والتى شهدت محاولات لاقتحامها من قبل المتظاهرين المؤيدين للنظام والذين تم حملهم إلى مقر النقابة فى سيارات تحت حماية الأمن فيما تم منع الصحفيين من الوصول لمقر نقابتهم. ورصدت غرفة عمليات الصحفيين القبض على وتوقيف واحتجاز أكثر من 43 صحفيا بينهم صحفيان أجنبيان، خرج أغلبهم بينما لا يزال 9 قيد الاحتجاز، واشتكى عدد من الصحفيين من تعرضهم لاعتداءات من قبل قوات الأمن وقت احتجازهم. واعتقلت قوات الأمن 5 من أعضاء الحزب «المصرى الديمقراطي»، أثناء مرورهم أمام نقابة الأطباء بشارع قصر العيني. وألقت أجهزة الأمن صباح يوم 25 إبريل 2016، القبض على المهندس أحمد عبدالله، رئيس مجلس أمناء المفوضية المصرية للحقوق والحريات، من منزله بالتجمع الخامس واقتياده إلى قسم القاهرة الجديدة، قررت النيابة عرض المهندس أحمد عبدالله باكر لحين سؤال القائم بالضبط. وتم رصد انتشار مكثف لقوات الأمن بكافة المناطق التي أعلن عن بدء تحرك المظاهرات منها، وعلى الأخص محيط ميدان التحرير وقصر العينى وطلعت حرب ونقابة الصحفيين ونقابة الأطباء. وطاردت قوات الأمن عددًا من المتظاهرين بميدان المساحة في الدقي، ما جعلهم يلجأون لمقر حزب «الكرامة» للاختباء فيه وبدورها، حاصرت القوات الحزب وفرضت سيطرتها بميدان المساحة، فيما نشبت بعض المشادات بين قوات الأمن وبين المتظاهرين، وفر المتظاهرون إلى الشوارع الجانبية، وطاردتهم قوات الأمن بالمدرعات والأسلحة. وأطلقت قوات الامن القنابل المسيلة للدموع لتفريق المتظاهرين فى الشوارع الجانبية، وألقت القبض على عدد من المتظاهرين بينهم 6 نساء.