"الفكر لا يواجه إلا بالفكر" تلك الجملة التى نسمعها فى كل مؤتمرات الأزهر وعلى لسان كل رجاله فى إطار خطتهم لتجديد الخطاب الدينى الذى أمرهم به الرئيس عبد الفتاح السيسى، إلا أن الأزهر استخدم طريقا آخر لمواجهة المفكرين الشاذين عن منهجهم أو مبادئ الوسطية السمحة التى يامرون بها وهى "الحبس والدعوات القضائية لإيقافهم ومنعهم من الظهور". الحبس عام للبحيري لانتقاد مذهب الأشاعرى خاض المفكر إسلام البحيرى شوطا طويلا خلال برنامجه المذاع على فضائية القاهرة والناس وقتها، ينتقد فيه بعض كتب الأزهر ويؤكد أنها تحمل بعض الأفكار المتطرفة، التى تساهم فى نشر الإرهاب وتساعد المتطرفين، وانتقد البحيرى فى إحدى حلقاته كتاب "الحديث" للأمام البخارى ومبادئ الأئمة الأربعة واختلافهم، بحجة إنهم بشر قد يصيبون ويخطون وأن من حقه الفكر والتوصل إلى صحة كتبهم. وبعد الحلقة التى انتقد فيها البحيرى مذهب الأمام الشافعى -الذى نسير عليه فى مصر- وانتقد عقيدة الأشاعرة التى يتبناها الأزهر الشريف، أقام الأزهر دعواته القضائية بشكل رسمى للمطالبة بوقف بث برنامجه بحجة استخدمه لإذدراء الأديان السماوية والتشكيك فى عقيدة المسلمين وانه سيسهم بشكل غير مباشر فى تفكيك مبادئ الدين الذى تربى عليه المصريين، الأمر الذى انتهى بالحكم عليه بالسجن عاما بتهمة إذدراء الأديان. مذبحة الخرفان تقود "ناعوت" للسجن 3 سنوات وبالتزامن مع احتفالات المسلمين بالعيد الأضحى المبارك، قامت الناشطة السياسية فاطمة ناعوت بنشر صورة للأضاحى على صفحتها الشخصية بموقع التواصل الاجتماعى "فيس بوك" واصفة ما يحدث فى الاحتفالات بالعيد "المذبحة"، فضلا عن كتباتها منشورا على "توتير" تنتقد فيه ذبح الأضاحي وتصف رؤية النبي إبراهيم الكابوس القدسي. الأمر الذى أثار حفيظة الأزهر وتقدم ضدها ببلاغ للنائب العام يتهمها فيه بإذدراء الأديان، وانتهى بحبسها ثلاث سنوات ودفع غرامة 20 الف جنيه. دعوى قضائية ضد القمنى لاتهامه الأزهر بالإرهاب وبعدما طالب الدكتور سيد القمنى خلال إستضافته فى إحدى الفضائيات بإدراج الأزهر كمنظمة إرهابية، وشن هجوما على منهج الأزهر واتهامه بنشر الإرهاب قرر الأزهر الشريف التقدم بدعوى قضائية جنحة مباشرة ضده، لتعمده الإساءة وتشويه مؤسسة الأزهر بالسب العلنى. بدأ القمنى معركته مع الأزهر الذى قد تتنهى بحبسه حتما، ما يفعله الأزهر مع منتقديه والمشككين فى منهجه وتتنهى فى أغلب الظروف لصالح الأزهر. اعتبر فريد أبو سعدة، الكاتب الروائي، أن الأزهر يخشى من مواجهة المفكرين بالفكر لأنه على الرغم من امتلاكه القامات العلمية إلا أنهم لا يملكون القدرات التى تسطيع توقف هؤلاء المفكرين، ويستنكر كل الدعوات القضائية التى يقيمها الأزهر ضد المفكرين سواء أصابوا أم أخطئوا. وتساءل أبو سعدة، فى تصريحات خاصة ل"بوابة الوفد": "من يملك حق إدانة رجال الدين على الفتاوى المتشددة والشاذة التى نسمعها ليلا نهارا"، معتبرا أن ذلك قصورا من الجهات الرقابية المسئولة عن حقوق الأنسان. وطالب الكاتب الروائى، الأزهر باحترام حقوق الانسان فى الفكر والتعبير عن الرأى ومواجهة المخطئ بالفكر لإن معركته فكريا إما يثبت صحة قوله أو يثبتون هم صحة ما يقولون ولا يلجأ إلى القضاء إلى فى السب الشخصى والتطاول دون أدلة.