انتقدت الدكتورة نادية مصطفى- أستاذ العلوم السياسية ومدير مركز الحضارة للدراسات السياسية- التشكيل الجديد للمجلس القومي لحقوق الإنسان في ظل الانقلاب العسكري. وقالت عبر صفحتها على فيسبوك:"إن تشكيل المجلس يعكس مغالبة من قبل الاتجاه المؤيد للانقلاب، والذي يعطي أولوية لمعاداة الإخوان بدرجة تفوق حرصه على ثورة 25 يناير، مشيرة إلى أن هذا الاتجاه يوافق على مطاردة معارضي الانقلاب الذين وصلوا للسلطة بالانتخاب باعتبارهم إرهابيين، ويحرض على حظر الاخوان ومعاقبتهم. وأضافت د. نادية أن معظم أعضاء المجلس إن لم يكن جميعهم :"حزبيون ينتمون إلى الفصيل العلماني الرافض للتيار الإسلامي، والذين كانوا يطالبون بفض الاعتصام بالقوة وبسرعة، مؤكدة أنهم يمارسون السياسة حتى النخاع، وسبق ان اعتبروا أن الأنشطة الحقوقية ساهمت في إذكاء المعارضة لنظام مبارك، بل والمشاركة في جذور ثورة 25 يناير". وتساءلت عن الدور الذى يمكن أن يقوم به المجلس في ظل الأوضاع الراهنة، مشيرة إلى أن دوره لن يخرج عن تجميل وجه الانقلاب وأعوانه. وأشارت د. نادية، بحسب ما نشرته بوابة "الحرية والعدالة"، إلى المعايير المزدوجة التي يتعامل بها أعضاء المجلس قائلة: "طالب بعضكم في وقائع سابقة بالتدويل، واتجه إليه بالفعل (ناصر أمين والإعلان الدستوري في 22/11/2012، منال الطيبي وحقوق أهل النوبة) كما طالب بعضكم بحماية الأقلية "الأقباط" دوليا... متسائلة: ماذا عما يتعرض له الآن تيار مجتمعي عريض من شعب مصر من حملة كراهية وتشكيك تفيض بالتعميمات وتنعكس على الممارسات الحياتية، وهو الأمر الذي يوصف، وفق معايير حقوق الإنسان، بالتمييز بسبب اللون أو العقيدة أو العرق أو الانتماء السياسي. وقالت: "قبل هذا وذاك.. هل توافقون على وصف أنشطة المعارضة بحرب استنزافية للدولة أو بالأعمال الإرهابية؟ كيف لفصيل كان يحكم لمدة عام وحقق الأغلبية في عدة انتخابات نزيهة يتعرض فجأة للاتهام الرسمي بالإرهاب بعد الإطاحة به من الحكم بانقلاب عسكري التحف بإرادة شعبية".