قرر القاضي العسكري في قاعدة جوانتانامو المكلف المحاكمة في قضية أحداث 11 سبتمبر 2001 إحالة المتهمين الخمسة بشكل انفرادي أمام محكمة عسكرية استثنائية. ونشر القاضي العسكري جيمس بول طلبًا غير اعتيادي لكي يثبت الاتهام لماذا لا يتوجب محاكمة المتهمين في أحداث 11 سبتمبر بشكل انفرادي، وذلك بحسب بيان لجيمس كونيل محامي الباكستاني علي عبد العزيز علي. وقال كونيل الذي يدافع عن ابن شقيق خالد شيخ محمد الذي تشتبه السلطات في أنه العقل المدبر لأحداث 11 سبتمبر: "عمومًا يفضل الاتهام محاكمة جماعية لأن ذلك يسهل لها العمل". وأضاف: "هذا الطلب غير اعتيادي؛ لأن المحكمة العسكرية فكرت بنفسها بهذه المسألة، وذلك يعني أن القاضي يفكر بالأمر مجددًا". وكان قد تم توجيه الاتهام في الخامس من مايو بشكل رسمي للرجال الخمسة في جوانتانامو فيما يتعلق بمقتل 2976 شخصًا في أحداث سبتمبر 2001 وهم يواجهون عقوبة الإعدام. وقال والتر رويز محامي السعودي مصطفى الهوساوي: "محامي ثلاثة منهم طلبوا أن يدلي ثمانية مسئولين كبار في إدارتي الرئيس باراك أوباما وسلفه جورج بوش بشهاداتهم". ورفض كشف أسماء هؤلاء المسئولين التي وردت في طعن قدم إلى المحكمة لكنه لم ينشر بعد، وأوضح أنهم مسئولون "من أعلى المستويات في الحكومة" وكانوا قد دعوا للإدلاء بشهادتهم بسبب تصريحاتهم التي يمكن أن "تؤثر على كل المسار" القضائي. يذكر أن الرئيس الأمريكي باراك أوباما كان قد وقَّع غداة تسلمه السلطة مرسومًا يقضي بإغلاق جوانتانامو قبل 22 يناير 2010، لكنه تراجع عن قراره أمام المعارضة الشرسة في الكونجرس، ومنذ وصول أوباما إلى البيت الأبيض تم إطلاق سراح أو نقل حوالي 70 معتقلاً معظمهم في دول أخرى. وكانت الحكومة الأمريكية قد أعربت عن رغبتها في شراء سجن في ولاية إلينوي يخصص لمعتقلي جوانتانامو الذين ترغب في الاحتفاظ بهم من دون محاكمة وكذلك للذين تصدر بحقهم أحكام من المحاكم العسكرية أو المدنية، كما كانت تنوي محاكمة خمسة رجال متهمين بتنظيم اعتداءات الحادي عشر من سبتمبر أمام محكمة فدرالية في نيويورك أبرزهم شيخ محمد.