أكد العديد من الأسر أنهم بعدما هُجروا وتركوا مُدنهم وقراهم الأصلية فرارًا من الصراعات المسلحة والقصف الجوى والمدفعى من قبل قوات الجيش واجهتهم الملاحقات الأمنية والتضييفات أينما ذهبوا بشكل مبالغ فيه، ما دفع العديد منهم الى العودة والقبول بالعيش فى الأماكن التى تسيطر عليها التنظيمات المسلحة في مدينتي الشيخ زويد ورفح. وكشف عدد من الأسر العائدة بعدما كانوا قد هجروا سيناء للعيش فى الإسماعيلية أنهم وجدوا تضييقات أمنيه وانتهاكات متصاعدة بشكل مبالغ فيه وغير مبرر فضلا عن الاعتقالات التعسفية بحقهم لمجرد أن الفرد يحمل بطاقة شخصية محل الاقامه تشير أنه من أهالى سيناء.
وانتقد عدد من أهالى الاسر الذين تعرضوا لمضايقات وملاحقات أمنية تفرقة سلطات العسكر بينهم على أساس الديانه حيث أن الاسر المسيحية التى هجرت سيناء لم تجد نفس المصير الذى لحق بغيرهم من الاسرة المسلمة التى كان مصيرها انتهاكات وملاحقات أمنية فى الوقت الذى تم توفير السكن وسبل العيش لغيرهم من الاسر المسيحية.
ومن بين أولئك الذين تعرضوا الى انتهاكات أحد أهالى سيناء المقيمين بالقاهرة أكد أنه تعرض لاعتقال مرتين منذ 2013، بخلاف نظرات الريبة والشك من قبل قوات أمن الانقلاب حال معرفة أنه من سيناء.
وأضاف أنه اضطر الى شراء شقه لتغيير محل الإقامة هربا من الانتهاكات والجرائم التى يتعرض لها حيث تعرض فى المرتين من الاعتقال لاعتداءات وتعذيب ممنهج للاعتراف بتهم لا صلة له بها تتعلق بالتخطيط لعمليات إرهابية وبفضل تدخل عدد من معارفه بالقاهرة استطاع أن يخرج متسائلاً: "أهالي سيناء يروحوا فين؟ يتم تهجيرهم من منازلهم وانتهاكات شديدة وقصف عشوائي، وفي الوقت نفسه لا يسمح لهم بالعيش بسلام في المحافظات الأخرى".
وانتقد العديد من المنظمات الحقوقيه ودانت الانتهاكات والجرائم التى ترتكب بحق أهالى سيناء فضلا عن طريق التعامل مع المهجرين منهم الى محافظات الجمهوريه بحثا عن سبل العيش بعيدا عن القصف الجوى والمدفعي العشوائي.
أصوات عدة لخبراء أمنيين أيضًا انتقدوا تعامل سلطات الانقلاب مع ملف المهجرين من أهالى سيناء وقالوا إنه يزيد من عداء وبغض أهالى سيناء للسلطات القائمه بينهم الخبير الأمني، العميد محمود قطري، والذي نشر عنه موقع "العربي الجديد" قائلاً: أنه ليس ذنب الأهالي الفارين من سيناء فشل الجيش والشرطة في مواجهة عناصر تنظيم ولاية سيناء، وعدم القدرة على حمايتهم من العناصر الإرهابية، مطالبًا بتوفير سبل الراحة لهم؛ لأنهم تركوا كل ما يملكون خلفهم وهربوا من الأوضاع المأساوية".
كانت منظمة سيناء لحقوق الإنسان قد وثقت 260 انتهاكًا فى تقرير لها عن حصاد الانتهاكات والجرائم خلال الربع الأول من عام 2017، بما يعكس ارتفاعا مقلقا في عدد الانتهاكات الواقعة على المدنيين في سيناء المصرية، تركز أغلبها في مدينتي العريش ورفح، بنسبة 76%، تليهما الشيخ زويد ووسط سيناء بنسبة 18%، ثم جنوبسيناء وبئر العبد.
وطالب التقرير الصادر عن المنظمة سلطات الانقلاب بالحد من أعمال القصف المدفعى واستهداف المدنيين بإطلاق نار عشوائى , وفتح تحقيق فورى وعاجل وتنفيذ عقوبات زاجرة لمنتهكى حقوق الانسان والقائمين بأعمال عدائية ضد المدنيين.
كما طالب بوقف العمل بالقوانين المقيدة لحرية التنقل فى سيناء والكف من الممارسات التميزية الواقعه على سكانها والقيام بدورها فى حماية المدنيين إذ أن العمليات المسلحة التى تجرى فى المنطقة لا تعطى التبرير للقيام بأفعال تنتهك فيها الحقوق اللصيقة بالإنسان.