أطاح قائد الانقلاب العسكرى عبدالفتاح السيسى، بالعديد من كوادر وقيادات المخابرات العامة المصرية، خلال الفترة الماضية، دون معرفة الأسباب الحقيقية عن الأمر، إلا عن بعضهم فقط. وفي 28 نوفمبر 2013 أظهر الإنفوجرافيك الذي نشرته قناة "مكملين" إطاحة قائد الانقلاب بعشرة وكلاء للمخابرات العامة بناء على طلبهم، من بينهم اللواء نادر الأعصر مسئول الملف الفلسطيني في المخابرات العامة، وفي يوليو 2014 صادق السيسي على قرار إحالة 14 وكيلا للمخابرات العامة للمعاش. وفي 5 فبراير تم نقل 3 موظفين من المخابرات العامة للعمل بالإدارات والوزارات المدنية، وفي 18 يونيو 2015 قرر السيسي إحالة 11 من ضباط المخابرات للتقاعد بناء على رغبتهم، حسب ادعاء سلطات الانقلاب، وفي يوليو 2015 تم إحالة 19 من جهاز المخابرات للتقاعد وتم نقل عدد منهم للعمل بوظائف أخرى. وفي 31 ديسمبر 2015 تم إحالة 13 من وكلاء المخابرات العامة للتقاعد والمعاش بناء على رغبتهم ولظروفهم الصحية، وفي 3 يوليو تم إحالة 17 من وكلاء المخابرات للمعاش، كما تم تحويل 7 للعمل بمناصب أخرى. يذكر أن جهاز المخابرات -الذي غدر به السيسي بعد انقلابه العسكري- هو الجهاز نفسه الذي أقسم وكيله على عدم إعطاء الرئيس محمد مرسي معلومة صحيحة لتضليله، ومع ذلك وعلى الرغم من العمل مع السيسي والاتفاق معه على خيانة الرئيس مرسي، إلا أن السيسي غدر بهم أيضا. وبثت قناة مكملين تسريبا جديدا من داخل المخابرات العامة، يظهر أن ملف فلسطين سقط في يد الخونة والجواسيس. والتسريب عبارة عن مكالمة هاتفية بين وائل الصفتي الذي تولى ملف فلسطين بجهاز المخابرات عقب الانقلاب العسكري، ومحمد دحلان القيادي السابق بحركة فتح ورئيس جهاز الأمن الوقائي السابق بغزة.