كشفت مصادر بوزارة الأوقاف أن أجهزة الأمن أبلغت الوزارة بوجود كتب لقيادات جماعة الإخوان، منهم حسن البنا، وسيد قطب، ويوسف القرضاوي، إلى جانب كتب للجماعة الإسلامية في عدد من مساجد الجمهورية، وأن بعض الأئمة يشرحونها في دروس يومية بعد صلاة العصر. وأوضحت المصادر أن الدكتور محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف، أصدر قرارًا بإعادة فرز جميع المكتبات الملحقة بالمساجد، خاصة المساجد الصغيرة، والتخلص من جميع الكتب المخالفة، والالتزام بقائمة الكتب المصرح بها من الوزارة والتي تسلم مختومة للمساجد من المجلس الأعلى للشؤون الإسلامية، حسب "بوابة القاهرة". من جهته قال رئيس القطاع الديني بالوزارة، محمد عبدالرازق، أن مساجد الوزارة نوعان، الأول مساجد ليس بها مكتبات أو بها مكتبات صغيرة لا تتعدى 30 أو 40 مصحفًا وكتابين عن الصيام والحج، والثاني مساجد بها مكتبات كبيرة لدرجة أن لها أمين مكتبة، مثل مساجد الفتح، النور، والسيدة زينب، مشيرًا إلى أنه لا خوف من النوع الثاني لأن مكتباتها تشهد عمليات جرد وفرز سنوي. وأضاف عبدالرازق،أن "المشكلة التي نواجهها تأتي من المكتبات الصغيرة التي يتبرع لها المواطنون بالكتب، خاصة الكتيبات الصغيرة، وعثرنا على كتب لسيد قطب، مثل (في ظلال القرآن)، و(الدعوة والداعية) لحسن البنا، وأخرى للقرضاوي، وكتيبات صغيرة لأعضاء بالجماعة الإسلامية وتتحدث عن الجزية والجهاد وغيرهما، ونخشى من استغلال هذه الكتب في التأثير على شبابنا، ولذلك تم تعميم منشور على جميع مديريات أوقاف الجمهورية، بمراجعة جميع مكتبات ودواليب المساجد وإخراج هذه الكتب وإحراقها، ووضع قائمة مختومة بخاتم الوزارة على كل مكتبة أو دولاب بمحتوياته". وشدد عبد الرازق على أنه لن يسمح إلا بالكتب المصرح بها من الوزارة والأزهر الشريف، ومن يخالف ذلك سيتعرض لعقوبات صارمة، وأي إمام سيثبت شرحه أي كتاب من هذه الكتب الممنوعة سيتعرض للعقوبة، موضحا أنه تم تشكيل لجان مراقبة لمتابعة جميع مساجد الجمهورية وضبط المخالفات.