منذ أن تولى الرئيس محمد مرسي حكم البلاد، تم القبض على عدد من التشكيلات الإرهابية والجهادية التي استهدفت مناطق حيوية مثل قناة السويس، وبعضها كان هدفه ضرب بنية الدولة عن طريق استهداف الأقباط، كي يصل الصراع الطائفي لنقطة اللاعودة. ففي 11 مايو 2013، ألقى قطاع الأمن الوطني القبض على ثلاثة أشخاص ينتمون لتنظيم القاعدة، بحوزتهم عشرة كيلو جرامات متفجرات من مادة نيترات الأمونيوم معدة للتفجير، كانوا يستعدون لتنفيذ عمليات انتحارية في عدد من الأماكن الحيوية والهامة. وفي السادس من يونيو 2012، تم إلقاء القبض على مجموعة إرهابية تتكون من سبعة أفراد، أثناء تسللهم إلي المجرى الملاحي لقناة السويس من جانب سيناء في منطقة الجناين، وضُبط معهم عدد من الأسلحة الآلية من بينها قاذف صواريخ، وخرائط تفصيلية لقناة السويس وخط سير الرحلات والقوافل العابرة لها، وجهاز لاب توب عليه صور ومقاطع فيديو للقناة وللسفن العابرة. وأخيرا نجحت أجهزة الأمن في نوفمبر 2012 في القبض على الخلية الإرهابية التي عُرفت إعلاميا باسم "خلية مدينة نصر"، التي اعترف أعضاؤها بأنهم خططوا لعدة عمليات، أبرزها التوظيف العسكري لمدن القاهرةوالسويس والإسكندرية وبورسعيد والإسماعيلية، وضرب بنية الدولة عن طريق استهداف الأقباط، عن طريق التركيز على خطف وقتل الرموز والرؤوس القبطية وأماكن الأقباط المفضلة للتجمع.