تباينت ردود الأفعال في الأوساط السياسية والإسلامية بعد الإعلان عن تولي الدكتور أيمن الظواهري "المصري الجنسية" زعامة تنظيم القاعدة خلفا لأسامة بن لادن، حيث أكد البعض أنه سيتبع نفس طريقة بن لادن بينما تمنى آخرون أن يغير الظواهري من سياسة التنظيم ويترك العنف والإرهاب. أكد الدكتور محمد حبيب نائب المرشد العام لجماعة الإخوان السابق أن المسألة ليت مسألة التغير في الشخصيات ولكن المسالة تعتمد في الأساس على الفكر فهو يتبنى الفكر والمبادئ التي قام عليها التنظيم نفسه والذي يتبناه كل عنصر من عناصر التنظيم سواء كان الظواهري أو غيره وكونه أصبح خليفة لابن لادن فان الأمر لن يختلف كثيرا أو قليلا فلا جديد لأنني اعتقد انه سوف يسير على نفس منهج بن لادن من قتل وعنف وتدمير وقد يترك الأمر إلى محاولة الانتقام لقتل زعيمهم والأب الروحي للتنظيم بن لادن، مضيفا انه ليس أمامنا الآن إلا ننتظر فهم الآن. كما أكد الدكتور ناجح إبراهيم القيادي بالجماعة الإسلامية وعضو مجلس شورى الجماعة أن اعتلاء الدكتور أيمن الظواهري لمنصب زعيم القاعدة كان أمر متوقع منذ قتل بن لادن لأنه هو الشخصية الوحيدة التي لها كاريزما في الحركة الإسلامية بالإضافة إلى انه دكتور ومفكر ولكنه يواجه الكثير من التحديات الكبرى خاصة الثأر لابن لادن. ومن جانبه، أكد حسين البحيري المستشار القانوني لجماعة الدعوة السلفية أنه يتمنى أن يظهر الظواهري صورة الإسلام الحقيقية ويتخلوا عن مبدأ العنف الذي يتبعونه وان يقدموا الإسلام بفكرة الوسطية والتخلي عن سياسة العنف والقتل وإزهاق أرواح الأبرياء .. مؤكدا أنه من الأفضل أن يتم التمسك بكتاب الله وسنته وان فهم الظواهري للقران والسنة فهما صحيحا وأتمنى له التوفيق من الله في تغيير سياسة العنف والقتل. و حول رأيه في تولي الظواهري مسئولية القاعدة، أكد ممدوح رمزي الناشط القبطي ومحامى الكنيسة القبطية أن فكر القاعدة هو الفكر الوحيد الذي لن يتغير مؤكدا أن الظواهري سوف يتبع نفس المنهج الذي كان يمشى عليه بن لادن من عنف وهجمات إرهابية، وقال موجها كلامه للظواهري: إذا كنت تعتقد انك جماعة جهادية فلابد أن توجه قوتك نحو العدو وليس نحو المدنين الأبرياء أو شعوب بعينها. وأضاف رمزي موجها كلامه للظواهري: أنت كنت تقول أنت وبن لادن أن عدوك الولاياتالمتحدة وليس شعوب الوطن العربي المدنين الأبرياء..وأتمنى أن تكون نفس السياسة كما هي ولن تتغير. مضيفا أن الظواهري هو العقل المدبر للقاعدة أثناء حياة بن لادن وبالتالي فان الأمر لن يختلف كثيرا وان القاعدة سوف تظل ملاحقة من قبل الولاياتالمتحدة وغيرها من الدول الأوربية التي تحمل العداء مع القاعدة بسبب العمليات التي نفذت في بلادها. وأوضح رمزي أن منهج القاعدة في المرحلة القادمة هو القيام بتنفيذ عمليات في بعض الدول العربية كالعراق واليمن وقطر والسعودية لان بها وفودا من الأمريكان، معتقدا انه سوف تتم توجيه هجمات وضربات خصوصا للسعودية لأنها حليف قوى للأمريكان وقطر لأنها بها اكبر قاعدة حربية أمريكية وحليف قوي أيضا لها، ولا اعتقد أن تقوم القاعدة بتوجيه ضربات لمصر أو سوريا لأنهما من الدول القلائل جدا التي لا يوجد بها تنظيمات للقاعدة.
