بدأت الشركة القابضة للغازات الطبيعية والهيئة المصرية العامة للبترول اجراءات دعوي تحكيم ضد شركة شرق البحر المتوسط بناء علي الخطاب المرسل لمركز القاهرة الاقليمي للتحكيم الدولي في 30 ابريل .2012 صرح المهندس محمد شعيب رئيس الشركة القابضة للغازات الطبيعية بأن شركة شرق البحر المتوسط للغاز لم تقم بسداد مستحقات الشركة القابضة للغازات ولا الهيئة المصرية العامة للبترول لعدة شهور مقابل الغاز الذي حصلت عليه وصدرته لإسرائيل. قال إنه تم إرسال خطاب لشركة غاز شرق المتوسط من قبل القابضة للغازات وهيئة البترول يخطرانها بخرق الاتفاق وعدم الوفاء بالالتزامات ورغم ذلك أعطت الشركتان المصريتان فرصة لشركة غاز شرق المتوسط حتي 31 مارس 2012 إلا أنها لم تلتزم بالسداد..وقال إن الشركة خرقت العقود وقامت ببيع الغاز لعملاء غير المصرح لها بالبيع لهم بالاضافة لحظرها معلومات وبيانات ضرورية لصالح الشركة القابضة للغازات "ايجاس" مشيرا الي أنها باعت الغاز لبعض عملائها بأسعار تقل عن أسعار السوق وساهمت في تكبد الهيئة المصرية للبترول وشركة "ايجاس" خسائر كبيرة.