استنكر مجلس جامعة الأزهر بشدة التطاول علي الأزهر ورموزه وعلمائه وقياداته وما أثير علي الساحة الإعلامية مؤخراً من إساءة للأزهر من فئة اعتبرها المجلس أنها تهدف إلي مصالح خاصة لا تتفق مع رسالة الأزهر العالمية التي هي رسالة الاسلام القائمة علي الوسطية والاعتدال. أكد مجلس جامعة الأزهر في بيان أن الأزهر من خلال علمائه وقادته هو المختص وحده برعاية شئونه واتخاذ الوسائل الملائمة للقيام برسالته العالمية وأن هذا ليس من شأن أحد آخر من خارج الأزهر. أوضح أن الأزهر جامعا وجامعة من حقه قانونا متابعة من يتطاولون عليه من خلال اتخاذ الإجراءات القانونية المتبعة في هذا الشأن ضد من يتطاول علي الأزهر. كان المجلس الأعلي للأزهر قد أكد أن أمر الأزهر "شأن خاص" بعلمائه العاملين فيه وهم جديرون بحسن قيادته وتطويره.. وأعلن أن علماء الأزهر قادرون علي قيادة هذه المؤسسة العريقة وتعديل ما يلزم من إجراءات قانونية وإدارية للنهوض بمسيرتها العلمية والروحية التي تؤديها منذ أكثر من ألف عام.