أثار انتشار صور الرئيس عبدالفتاح السيسي في الكنائس والصلاة من أجله الجدل بين رواد مواقع التواصل الاجتماعي "الفيس بوك" ، حيث وصفوه البعض بانه يعد "نفاقا للرئيس". فيما علق القس بولس حليم، المتحدث الرسمي باسم الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، على هذا الامر قائلا:" إن موقف الكنيسة من الرئيس بصفة عامة، أياً كان تأتي خضوعا لتعاليم الكتاب المقدس". وأشار في تصريحات صحفية الى ان "صلاة الكنيسة للرئيس وبحسب الطقس الكنسي، بالصلاة من أجله، ليس نفاقا أوتملقا". وتابع:" صلاة الكنيسة للرئيس من اجل ان يعطيه الله الحكمة لنشر العدل والسلام في ربوع الوطن". جدير بالذكر انه تم تداول صور الرئيس عبد الفتاح السيسي داخل قاعات كنائس وأديرة إيبارشية بني سويف، في ظاهرة هى الأولى في تاريخ الكنيسة.