طالبت النيابة العامة في مرافعتها بإعدام وتوقيع أقصى العقوبة على المتهمين والتي تصل للإعدام شنقًا لمحمد مرسي و10 آخرين من جماعة الإخوان بقضية اتهامهم بالتخابر وتسريب وثائق ومستندات صادرة عن أجهزة الدولة السيادية وموجهة إلى مؤسسة الرئاسة، وتتعلق بالأمن القومي والقوات المسلحة المصرية، وإفشائها إلى قطر. واستعرض المستشاران إلياس إمام وضياء عابد الرئيسان بنيابة أمن الدولة العليا، وقائع وأدلة جرائم السعي والتخابر التي ارتكبها المتهمون وفقا لخطة ممنهجة وتكليفات صدرت من قيادة جماعة الإخوان حينما استشعرت اقتراب ثورة المصريين في 30 يونيو 2013، مشيرين إلى أن الوثائق والمستندات التي تم تهريبها من مؤسسة الرئاسة بقصد إرسالها إلى جهاز المخابرات القطري وقناة الجزيرة، تتعلق بأقصى درجات السرية والحساسية في كل مؤسسات الدولة السيادية، ومن بينها القوات المسلحة وأجهزة المخابرات. وأشارت النيابة العامة إلى أن محمد مرسي فور توليه مهام منصبه، طلب إلى أجهزة الدولة ووزارة الدفاع وقائد الحرس الجمهوري بوصفه المستشار العسكري للرئيس، بموافاته بتقارير حول تنظيم القوات المسلحة وأعدادها وتشكيلاتها وعتادها وتمركزاتها، وتفاصيل تأمين شبه جزيرة سيناء، ومعلومات حول التوازن العسكري في منطقة الشرق الأوسط، غير أن تلك الوثائق لم تتم إعادتها إلى قائد الحرس الجمهوري حتى يتسنى له حفظها وفقًا للآليات المعمول بها لحفظ هذا النوع من الوثائق بالغة السرية.
وأضافت النيابة أن قائد الحرس الجمهوري السابق اللواء نجيب عبدالسلام، حينما ألح على "مرسي" بالسؤال حول المستندات العسكرية المسلمة إليه، لإعادة حفظها، أمر المتهم خشية ارتياب قائد الحرس في أمره بنقله من منصبه، وأعقب ذلك إصدار قرار إلى أجهزة المخابرات العامة والحربية والرقابة الإدارية ووزارة الداخلية، بأن تعرض الأوراق والوثائق والمستندات الواردة منها على مدير مكتبه أحمد عبد العاطي، ليتولى بدوره عرضه الوثائق والمستندات عليه (مرسي). وذكرت النيابة أن الوثائق التي عثر عليها، تضمنت تقارير تتعلق بكيفية مواجهة الإرهابيين بشمال سيناء، بإنشاء العديد من الارتكازات الأمنية وتعزيز عتاد وتسليح القائم منها، ومعلومات عن علاقات مصر الخارجية، وتقارير حول ملف الطاقة في مصر والدول المجاورة لها، وتقارير تتضمن تحريات لهيئة الرقابة الإدارية. وأكدت النيابة أن المتهم محمد عادل كيلاني المضيف الجوي الذي كان مكلفا بتسليم أصول المستندات إلى جهاز المخابرات القطرية بمطار الدوحة) أكد في اعترافاته بتحقيقات النيابة، أنه علم من بقية المتهمين وهم أعضاء الجماعة، أن تلك الأوراق والوثائق خرجت من مؤسسة الرئاسة بمعرفة وبأوامر من محمد مرسي، وبتكليف صادر من التنظيم الدولي لجماعة الإخوان، حيث صدر هذا التكليف من قيادات جماعة الإخوان، بعدما تم إخفاء تلك المستندات عن أعين أجهزة الأمن. وأضافت النيابة أن تحريات جهاز المخابرات العامة، وجهاز الأمن الوطني، أفادت بأن المتهمين محمد مرسي وأحمد عبد العاطي وأمين الصيرفي، اختلسوا الأوراق والمستندات بالغة السرية لإرسالها إلى قطر عن طريق بقية المتهمين.
وأوضحت النيابة أنه تنفيذا لتلك التكليفات قام المتهم أمين الصيرفي، بجمع كمية من تلك المستندات السرية في حقيبة، وأخرجها من مؤسسة الرئاسة، مستغلا أنه لا يخضع لتفتيش أمن الرئاسة، باعتبار أنه من شاغلي الوظائف العليا برئاسة الجمهورية، والذهاب بها إلى منزله، وتمرير تكليف إلى زوجته (عقب إلقاء القبض عليه) بأن تقوم ابنتهما كريمة الصيرفي بالتصرف في الحقيبة التي سبق وأعطاها إياها. وذكرت النيابة أن كريمة الصيرفي، سلمت المتهمة أسماء الخطيب التي تعمل بشبكة رصد، حقيبة المستندات السرية، لتسليمها إلى المتهمين أحمد علي عفيفي وعلاء سبلان، العضوين بجماعة الإخوان، بقصد تسليمها إلى قناة الجزيرة و قطر.. حيث أعقب ذلك عقد لقاء تنظيمي في مسكن المتهم خالد حمدي عبد الوهاب ضم المتهمين الثلاثة المذكورين،و تم الاتفاق على تكليف المتهم محمد كيلاني بأن يقوم بتهريب الأوراق إلى قطر، مستغلا عمله كمضيف جوي. واستعرضت النيابة عناوين المستندات التي قام المتهمون باختلاسها والتي تضمنت تقارير ودراسات ووثائق حول المصانع الحربية وإنتاجها وتقارير من المخابرات العامة وتقارير من وزارة الدفاع حول تشكيلات القوات الجوية وقدراتها، و القوات المتعددة الجنسيات المتواجدة في شبه جزيرة سيناء. و تقرير صادر عن المخابرات الحربية، حول أعداد قوات الجيش المتمركزة في سيناء، وعتادها وتشكيلاتها، و تقرير صادر من الأمانة العامة لوزارة الدفاع حول اجتماع لممثلي كافة أجهزة الأمن المختلفة، حول الأوضاع الأمنية في سيناء وتقرير حول شبكة الاتصالات العسكرية، ومقترحات تأمين شبكة اتصالات رئاسة الجمهورية، و مخططات التسليح بالقوات المسلحة في مواجهة تصاعد قوة إحدى الدول المجاورة.